Proteomics Centre

National projects

Reseach Council of Lithuania

Researcher groups projects

• “Elucidation of cancer drug resistance molecular mechanisms to improve tumor therapy outcome”, project leader dr. Mindaugas Valius, 2023-2026.

Future Biomedicine Foundation

• “Innovative approach to identify pancreatic cancer signaling pathways for individual therapy selection using targeted therapy with repurposed drugs” (KDA-omika); Project leader Dr. M. Valius, 2023–2025

National projects

Central Project Management Agency

• Center for Genetic Modeling of Animals, No. 01.2.2-CPVA-K-703-03-0032. Dr. D. Baltriukienė. 2020–2023.

Targeted Research in Smart Specialization Areas 

• “Designing of the patient-specific, heterogeneous lung cancer cell ex vivo model system for drug efficiency prediction in personalized oncotherapy”, dr. Audrone Kalvelyte, 2018 – 2022.

Global grant measure

• Redox chemistry, biochemistry and cytotoxicity of aromatic nitrocompounds and N-oxides: new insighths (No. DOTSUT-34/09.33-LMT-K712-01-0058). Habil. dr. N. Čėnas. 2018-2021.
• Molecular Mechanisms of Toxicity and Antitumor Activity of Quinones and Polyphenols: Enzymatic Redox Cytotoxicity, Signal Transduction, and Proteomics. Habil. dr. N. Čėnas, 2011–2015.

National research programm Healthy ageing

• Novel Biomarkers for Individualized Therapy of Colon Cancer: Proteomics, Micrornomics and Clinics. Project manager Prof. A. Laurinavicius, VU Faculty of Medicine, WP manager Dr. M. Valius. 2015–2018.
• New Multifunctional Nanobiosensor for Early Pancreatic Cancer Diagnostics. Project manager Prof. K. Strupas, VU Faculty of Medicine, WP manager Dr. M. Valius, 2015–2018
• Development of Novel Proteomics-based Drug Selection Approach for Pancreatic Cancer Individualized Therapy, Project managers dr. Mindaugas Valius (Proteomikos centras), habil. dr. Peter Schemmer (Medicinos fakultetas), 2020-2021

Research groups projects

• High throughput proteomics for cancer cell surface protein recognition by quantum dots. dr. M .Valius, 2014-2016 m.

2023

1. Nemeikaitė-Čenienė A., P. Haberkant, D. Kučiauskas, F. Stein, N. Čėnas. 2023. Redox proteomic profile of tirapazamine-resistant murine hepatoma cells. International Journal of Molecular Sciences 24(7): 6863.
2. Skliutė G., B. Vaigauskaitė-Mažeikienė, A. Kaupinis, M. Valius, E. Kazėnaitė, R. Navakauskienė. 2023. The effects of the follicle-stimulating hormone on human follicular fluid-derived stromal cells. International Journal of Molecular Sciences 24(3): 2450.
3. Šimoliūnas E., M. Šimoliūnienė, G. Laskevičiūtė, K. Kvederavičiūtė, M. Skapas, A. Kaupinis, M. Valius, R. Meškys, N. Kuisienė. 2023. Geobacillus bacteriophages from compost heaps: representatives of three new genera within thermophilic siphoviruses. Viruses-Basel 15(8): 1691.
4. Šimoliūnas E., M. Šimoliūnienė, G. Laskevičiūtė, K.  Kvederavičiūtė, M. Skapas, A. Kaupinis, M. Valius, R. Meškys, N. Kuisienė. 2023.  Characterization of Parageobacillus bacteriophage vB_PtoS_NIIg3.2-A representative of a new genus within thermophilic siphoviruses. International Journal of Molecular Sciences 24(18): 13980.

2022

1.  Alksnė M., M. Kalvaitytė, E. Šimoliūnas, I. Gendvilienė, P. Barasa, I. Rinkūnaitė, A. Kaupinis, D. Seinin, V. Rutkūnas, V. Bukelskienė. 2022. Dental pulp stem cell-derived extracellular matrix: autologous tool boosting bone regeneratio. Cytotherapy 24(6):597-607. 
2. Borutinskaitė V., A.Zučenka, A. Vitkevičienė, M. Stoškus, A. Kaupinis, M. Valius, E. Gineikienė, R. Navakauskienė. 2022. Genetic and epigenetic signatures in acute promyelocytic leukemia treatment and molecular remission. Frontiers in Genetics 13: 821676.
3. Čeksterytė V., A. Kaupinis, K. Jaskunė, G. Treigytė, R. Navakauskienė. 2022. Characteristics of honey bee physiological proteins extracted from faba bean (Vicia faba L.) honey. Journal of Apicultural Research DOI 10.1080/00218839.2022.2070099.
4. Juškauskas A., A. Zajančkauskaitė, R. Meškys, M. Ger, A. Kaupinis, M. Valius, L. Truncaitė. 2022. Interaction between phage T4 protein RIII and host ribosomal protein S1 inhibits endoribonuclease RegB activation. International Journal of Molecular Sciences 23(16): 9483.
5. Zinkevičiūtė R., R. Ražanskas, A. Kaupinis, N. Macijauskaitė, E. Čiplys, G. Houen, R. Slibinskas. 2022. Yeast secretes high amounts of human calreticulin without cellular stress. Current Issues in Molecular Biology 44(5): 1768-1787. 

2021

1. Cicėnas J., A. Račienė. 2021. Anti-cancer drugs targeting protein kinases approved by FDA in 2020. Cancers 13(5), 947 
2. Čiplys E., T. Paškevičius, E. Žitkus, J. Bielskis, R. Ražanskas, T. Sneideris, V. Smirnovas, A. Kaupinis, D. Tester, M. Ackerman, P. Hojrup, M. Michalak, G. Houen, R. Slibinskas. 2021. Mapping human calreticulin regions important for structural stability. Biochimica et Biophysica Acta-Proteins and Proteomics 1869(11): 140710. 
3. Kalinienė L., A. Noreika, A. Kaupinis, M. Valius, E. Jurgelaitis, J. Lazutka, R. Meškienė, R. Meškys. 2021. Analysis of a novel bacteriophage vB_AchrS_AchV4 highlights the diversity of Achromobacter viruses. Viruses 13(3): 374. 
4. Kurlinkus B., M. Ger, A. Kaupinis, E. Jasiūnas, M. Valius, A. Šileikis. 2021. CEACAM6’s role as a chemoresistance and prognostic biomarker for pancreatic cancer: a comparison of CEACAM6’s diagnostic and prognostic capabilities with those of CA19-9 and CEA. Life 11(6): 542. 
5. Linklater E. S., E. D. Duncan, Ke-Jun Han, A. Kaupinis, M. Valius, T.R. Lyons, R. Prekeris. 2021. Rab40–Cullin5 complex regulates EPLIN and actin cytoskeleton dynamics during cell migration. Journal of Cell Biology 220(7): e202008060. 
6. Skliutė G., R. Baušytė, V.V. Borutinskaitė, G. Valiulienė, A. Kaupinis, M. Valius, D. Ramašauskaitė, R. Navakauskienė. 2021. Menstrual blood-derived endometrial stem cells' impact for the treatment perspective of female infertility. International Journal of Molecular Sciences 22(13): 6774.
7. Šimoliūnienė M., E. Žukauskienė, L.Truncaitė, L. Cui, G. Hutinet, D. Kazlauskas, A. Kaupinis, M. Skapas, V.d. Crécy-Lagard, P.C.Dedon, M. Valius, R. Meškys, E. Šimoliūnas. 2021. Pantoea bacteriophage vB_PagS_MED16—A siphovirus containing a 2′-deoxy-7-amido-7-deazaguanosine-modified DNA. International Journal of Molecular Sciences 22: 7333. 
8. Voronovic E., A. Skripka, G. Jarockytė, M. Ger, D. Kučiauskas, A. Kaupinis, M. Valius, R. Rotomskis, F. Vetrone, V. Karabanovas. 2021. Uptake of upconverting nanoparticles by breast cancer cells: surface coating versus the protein corona ACS Applied Materials & Interfaces 13(33): 39076-39087
9. Žalytė E., V. Dedonytė, B. Kurlinkus, A. Šileikis, P. Schemmer, M. Valius. 2021. Establishment and characterization of a new pancreatic ductal adenocarcinomacell line Capan-26. Anticancer Research 41(3): 1401-1406. 
10. Žukauskienė E., M. Šimoliūnienė, L. Truncaitė, M. Skapas, A. Kaupinis, M. Valius, R. Meškys, E. Šimoliūnas. 2021. Pantoea bacteriophage vB_PagS_AAS23: a singleton of the Genus Sauletekiovirus. Microorganisms 9(3): 668. 

2020

1. Peterman E., M. Valius, R. Prekeris. 2020. CLIC4 is a cytokinetic cleavage furrow protein that regulates cortical cytoskeleton stability during cell division. Journal of Cell Science 133: AN jcs241117. 
2. Stanislauskienė R., A. Laurynėnas, R. Rutkienė, A. Aučynaitė, D. Tauraitė, R. Meškienė, N. Urbelienė, A. Kaupinis, M. Valius, L. Kalinienė, R. Meškys. 2020. YqfB protein from Escherichia coli: an atypical amidohydrolase active towards N4-acylcytosine derivatives. Scientific Reports 10:788. IF 4.379
3. Šimoliūnienė M., L. Truncaitė, E. Petrauskaitė, A. Zajančkauskaitė, R. Meškys, M. Skapas, A. Kaupinis, M. Valius, E. Šimoliūnas. 2020. Pantoea agglomerans-infecting bacteriophage vB_PagS_AAS21: a cold-adapted virus representing a novel genus within the family Siphoviridae. Viruses 12: 479. IF 5.048

2019

1. Balčiūnas E., S. Baldock, N. Dreižė, M. Grubliauskaitė, S. Coultas, D.L. Rochester, M. Valius, J.G. Hardy, D. Baltriukienė. 2019. 3D printing hybrid organometallic polymer-based biomaterials via laser two-photon polymerization. Polymer International 68:1928-1940. IF 2.574
2. Balčiūnas E., N. Dreižė, M. Grubliauskaitė, S. Urnikytė, E. Šimoliūnas, V. Bukelskienė, M. Valius, S. Baldock, J.G. Hardy, D. Baltriukienė. 2019. Biocompatibility investigation of hybrid organometallic polymers for sub-micron 3D printing printing via laser two-photon polymerisation. Materials 12: 3932. IF 3.057
3. Gasiulė S., N. Dreižė, A. Kaupinis, R. Ražanskas, L. Čiupas, V. Stankevičius, Ž. Kapustina, A. Laurinavičius, M. Valius, G. Vilkaitis. 2019. Molecular insights into miRNA-driven resistance to 5-fluorouracil and oxaliplatin chemotherapy: miR-23b modulates the epithelial–mesenchymal transition of colorectal cancer cells. Journal of Clinical Medicine 12: 2115.
4. Kučiauskas D., N. Dreižė, M. Ger, A. Kaupinis, K. Žemaitis, V. Stankevičius, K. Sužiedėlis, J. Cicėnas, Lee M. Graves, M. Valius. Proteomic analysis of breast cancer resistance to the anticancer drug RH1 reveals the importance of cancer stem cells. Cancers 11: 972. 
5. Peterman E., P. Gibieza, J. Schafer, V.A. Skeberdis, A. Kaupinis, M. Valius, X. Heiligenstein, I. Hurbain, G. Raposo, R. Prekeris. 2019. The post-abscission midbody is an intracellular signaling organelle that regulates cell proliferation. Nature Communications 10: Article Number: 3181. IF 12.121
6. Rynkevičienė R., J. Šimienė, E. Strainienė, V. Stankevičius, J. Usinskienė, E. Mišeikytė Kaubrienė, I. Meškinytė, J. Cicėnas, K. Sužiedėlis. 2019. Non-coding RNAs in glioma. Cancers 11:17 
7. Šimoliūnas E., L. Truncaitė, R. Rutkienė, S. Povilonienė, K. Goda, A. Kaupinis, M. Valius, R. Meškys. 2019. The robust self-assembling tubular nanostructures formed by gp053 from by gp053 from Phage vB_EcoM_FV3. Viruses 11: AN 50.
8. Umbrasas D., R. Jokubka, A. Kaupinis, M. Valius, O. Arandarčikaitė, V. Borutaitė. 2019.Nitric oxide donor NOC-18-induced changes of mitochondrial phosphoproteome in rat cardiac ischemia model. Medicina-Lithuania 55:631.
9. Vaičikauskaitė M., M. Ger, M. Valius, A. Maneikis, E. Lastauskienė, L. Kalėdienė, A. Kaunietis. 2019. Geobacillin 26 - high molecular weight bacteriocin from a thermophilic bacterium. International Journal of Biological Macromolecules 141: 333-344. 
10. Vitkevičienė A., V. Janulis, A. Žučenka, V. Borutinskaitė, A. Kaupinis, M. Valius, L. Griškevičius, R. Navakauskienė. 2019. Oxidative phosphorylation inhibition induces anticancerous changes in therapy-resistant-acute myeloid leukemia patient cells. Molecular Carcinogenesis 58: 2008-2016. IF 3.825

2018

1.  Cicėnas J., E. Žalytė, A. Bairoch, P. Gaudet. 2018. Kinases and cancer. Cancers 10: 63
2. Cicėnas J., E. Žalytė, A. Rimkus, D. Dapkus, R. Noreika, S. Urbonavičius. 2018. JNK, p38, ERK, and SGK1 inhibitors in cancer. Cancers 10: 1.
3. Ger M., A. Kaupinis, M. Petrulionis, B. Kurlinkus, J. Cicėnas, A. Šileikis, M. Valius, K. Strupas. 2018. Proteomic Identification of FLT3 and PCBP3 as Potential Prognostic Biomarkers for Pancreatic Cancer. Anticancer Research 38: 5759-5765. 
4.  Kalinienė L., L. Truncaitė, E. Šimoliūnas, A. Zajančkauskaitė, M. Vilkaitytė, A. Kaupinis, M. Skapas, R. Meškys. 2018. Molecular analysis of the low-temperature Escherichia coli phage vB_EcoS_NBD2. Archives of Virology 163: 105-114. 
5. Korabliovienė J., M. Mauricas, Č. Ambrozevičienė, M. Valius, A. Kaupinis, S. Čaplinskas, P. Korabliov. 2018. Mycobacteria produce proteins involved in biofilm formation and growth-affecting processes. Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica 65: 405-418. I
6.  Šimoliūnas E., M. Šimoliūnienė, L. Kalinienė, A. Zajančkauskaitė, M. Skapas, R. Meškys, A. Kaupinis, M. Valius, L. Truncaitė. 2018. Pantoea Bacteriophage vB_PagS_Vid5: A Low-Temperature Siphovirus That Harbors a Cluster of Genes Involved in the Biosynthesis of Archaeosine. Viruses 10: 583.

2017

1.  Bikulčius G., M. Valius, A. Ručinskienė, S. Jankauskas, S.J. Asadauskas. 2017. Measurement of lubricant layer thickness in anodised alumina using confocal fluorescence microscopy. Transactions of the Institute of Metal Finishing 95: 226-232
2. Cicėnas J., K. Kvederavičiūtė, I. Meškinytė, E. Meškinytė-Kausilienė, A. Skeberdytė, J. Cicėnas Jr. 2017. KRAS, TP53, CDKN2A, SMAD4, BRCA1, and BRCA2 mutations in pancreatic cancer. Cancers 9(5), 42. 
3. Cicėnas J., L. Tamošaitis, K. Kvederavičiūtė, R. Tarvydas, G. Staniūtė, K. Kalyan, E. Meškinytė-Kausilienė, V. Stankevičius, M. Valius. 2017. KRAS, NRAS and BRAF mutations in colorectal cancer and melanoma. Medical Oncology 34: 26 
4. Gupta P.P., V. A. Bastikar, D. Kučiauskas, S. Lal Kothari, J. Cicėnas, M. Valius. 2017. Molecular modeling and structure-based drug discovery approach reveals protein kinases as off-targets for novel anticancer drug RH1. Medical Oncology 34: 176
5.  Kalinienė L., E. Šimoliūnas, L. Truncaitė, A. Zajančkauskaitė, J. Nainys, A. Kaupinis, M. Valius, R. Meškys. 2017. Molecular analysis of Arthrobacter myovirus vB_ArtM-ArV1: we blame it on the tail. Journal of Virology 91: UNSP e00023.
6. Kaupinis A., L. Aitmanaitė, D. Strepetkaitė, M. Valius, J.R. Lazutka, K. Arbačiauskas. 2017. Proteomic and gene expression differences between post-diapause and subitaneous offspring phenotypes in the cyclic parthenogen Daphnia pulex. Hydrobiologia 798: 87-103.
7. Mickienė, G., I. Dalgedienė, Ž. Dapkūnas, G. Žvirblis, H. Pesliakas, A. Kaupinis, M. Valius, E. Mištinienė, M. Plečkaitytė. 2017. Construction, Purification, and Characterization of a Homodimeric Granulocyte Colony-Stimulating Factor. Molecular Biotechnology 59: 374-384. 
8.  Stankevičius V., L. Kunigėnas, E. Stankūnas, K. Kuodytė, E. Strainienė, J. Cicėnas, N. E. Samalavičius, K. Sužiedėlis. 2017. The expression of cancer stem cell markers in human colorectal carcinoma cells in a microenvironment dependent manner. Biochemical and Biophysical Research Communications 484: 726-733

2016

1. Cicėnas J. 2016. The Aurora kinase inhibitors in cancer research and therapy. Journal of Cancer Research And Clinical Oncology 142: 1995-2012 
2. Cicėnas J., E. Cicėnas. 2016. Multi-kinase inhibitors, AURKs and cancer. Medical Oncology 33: 43.
3. Ger M., A. Kaupinis, A. Nemeikaitė-Cėnienė, J. Šarlauskas, J. Cicėnas, N. Čėnas, M. Valius. 2016. Quantitative proteomic analysis of anticancer drug RH1 resistance in liver carcinoma. Biochimica et Biophysica Acta: Proteins and Proteomics 1864: 219-232
4. Nissinen T., S. Näkki, H. Laakso, D. Kučiauskas, A. Kaupinis, M. I. Kettunen, T. Liimatainen, M. T. Hyvönen, M. Valius, O. Gröhn, V.-P. Lehto. 2016. Tailored Dual PEGylation of Inorganic Porous Nanocarriers for Extremely Long Blood Circulation in vivo. ACS Applied Materials & Interfaces 8: 32723-32731.
5. Stankevičius V., G. Vasauskas, R. Noreikienė, K. Kuodytė, M. Valius, K. Sužiedėlis. 2016. Extracellular Matrix-dependent Pathways in Colorectal Cancer Cell Lines Reveal Potential Targets for Anticancer Therapies. Anticancer Research 36: 4559-4567
6. Šileikis A., M. Petrulionis, B. Kurlinkus, M. Ger, A. Kaupinis, J. Cicėnas, M. Valius, K. Strupas. 2016. Current Role of Proteomics in Pancreatic Cancer Biomarkers Research. Current Proteomics 13: 68-75
7. Tumas J., K. Kvedaravičiūtė, M. Petrulionis, B. Kurlinkus, A. Rimkus, G. Sakalauskaitė, J. Cicėnas, A. Šileikis. 2016. Metabolomics in pancreatic cancer biomarkers research. Medical Oncology 33: article 133.

2015

1.  Damalakienė L., V. Karabanovas, S. Bagdonas, L. Pupelis, M. Valius, R. Rotomskis. 2015. Suppression of a specific intracellular uptake pathway by a saturating accumulation of quantum dots. Journal of Biomedical Nanotechnology 11: 841-853.
2. Savickienė J., G. Treigytė, S. Baronaitė, G. Valiulienė, A. Kaupinis, M. Valius, A. Arlauskienė, R. Navakauskienė. 2015. Human amniotic fluid mesenchymal stem cells from second- and third-trimester amniocentesis: differentiation potential, molecular signature, and proteome analysis. Stem Cells International Article ID 319238. 
3. Šimoliūnas E., M. Vilkaitytė, L. Kaliniene, A. Zajančkauskaitė, A. Kaupinis, J. Staniulis, M. Valius, R. Meškys, L. Truncaitė. Incomplete LPS core-specific Felix01likevirus vB_EcoM_VpaE1. Viruses-Basel 7: 6163-6181
4. Valiulienė G., I. Stirblytė, D. Cicėnaitė, A. Kaupinis, M. Valius, R. Navakauskienė. 2015. Belinostat, a potent HDACi, exerts antileukaemic effect in human acute promyelocytic leukaemia cells via chromatin remodelling. Journal of Cellular and Molecular Medicine 19: 1742-1755.

2014

1. Cicenas, J., Kalyan, K., Sorokinas, A., Jatulyte, A., Valiunas, D., Kaupinis, A., Valius, M. 2014. Highlights of the latest advances in research on CDK inhibitors. Cancers, 6(4), pp.2224-2242.
2. Karabanovas, V., Zitkus, Z., Kuciauskas, D., Rotomskis, R., Valius, M. 2014. Surface properties of quantum dots define their cellular endocytic routes, mitogenic stimulation and suppression of cell migration. Journal of biomedical nanotechnology, 10(5), pp.775-786. 
3.  Šimoliūnas E., L. Kalinienė, M. Stasilo, L. Truncaitė, A. Zajančkauskaitė, J. Staniulis, J. Nainys, A. Kaupinis, M. Valius, R. Meškys. 2014. Isolation and Characterization of vB_ArS-ArV2 – First Arthrobacter sp. Infecting Bacteriophage with Completely Sequenced Genome. Plos ONE 9: e111230