ĮGYVENDINTI PROJEKTAI:
Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-23-0189 "Kontroliuojamo porėtumo polimerinių mikrosferų formavimas mikroskysčių technologijos pagrindu“
Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių po doktorantūros studijų skatinimas“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Kontroliuojamo porėtumo polimerinių mikrosferų formavimas mikroskysčių technologijos pagrindu“ (kodas 09.3.3.-LMT-K-712-23-0189).
Projekto trukmė – 2021-07-01 – 2023-06-30.
Stažuotojas – dr. Monika Kirsnytė.
Stažuotojo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos instituto vyriausiasis mokslo darbuotojas dr. Linas Mažutis
Projekto tikslas – išvystyti temperatūra kontroliuojamo porėtumo polimerines mikrosferas naudojant pažangias mikroskysčių technologijas ir jas pritaikyti mikroorganizmų imobilizacijai.
Santrauka: Projekto tikslas – Mikroskysčių technologijų pagrindu sukurti įrankiai atveria naujas galimybes kurti įvairių struktūrų ir sąvybių mikro-kompartmentus. Nemaža dalis mikroskysčių technologijų pagrindu sukurtų produktų ir aplikacijų šiuo metu yra plačiai taikomi visame pasaulyje pradedant chemijos pramone ir baigiant biomedicina. Siekiant panaudoti šios technologijos unikalius privalumus šio projekto metu bus kuriamos naujos kartos mikroskopinio dydžio sferos (mikro-reaktoriai) pasižyminčios skirtingu pralaidumu cheminiams ir biologiniams junginiams. Panaudojant temperatūrai jautrius polimerus (pvz., pNIPAM) bei kitus polimerus gebančius kontroliuoti medžiagų pralaidumą, taps įmanoma kontroliuoti medžiagų patekimą iš ar į, mikrosferos vidų. Sėkmingai išvysčius kontroliuojamo porėtumo mikrosferas, jos toliau bus panaudojamos mikroorganizmų imobilizacijai ir fiziologinio atsako kontroliavime. Šio technologijos pagrindu imobilizuoti mikroorganizmai dėl polimerinių mikrosferų porėtumo turės tinkamas sąlygas išlikti fiziologiškai aktyvūs ir išskirti į aplinką biologines medžiagas, kurios difuzijos pagalba atsiskirs nuo mikrosferų ir pačių mikroorganizmų. Minėtomis savybėmis pasižyminčios mikrosferos galėtų surasti platų pritaikymą tiek mikrobiologijoje, tiek biomedicinoje ir kituose gyvybės mokslo šakose, vykdant daugiapakopes reakcijas su minimaliais reagentų kiekiais.
Projektas bendrai finansuojamas iš Europos socialinio fondo lėšų (projekto Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-23-0189) pagal dotacijos sutartį su Lietuvos mokslo taryba (LMTLT).
Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-23-0117 "Funkcionalaus maisto produkto, pasižyminčio antidiabetinėmis savybėmis ir gebančio moduliuoti žarnyno mikrobiotą, sukūrimas"
Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių po doktorantūros studijų skatinimas“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Funkcionalaus maisto produkto, pasižyminčio antidiabetinėmis savybėmis ir gebančio moduliuoti žarnyno mikrobiotą, sukūrimas“ (kodas 09.3.3.-LMT-K-712-23-0117).
Projekto trukmė – 2021-08-23 – 2023-08-22.
Stažuotojas – dr. Eric Banan-Mwine Daliri.
Stažuotojo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biochemijos instituto vyriausiasis mokslo darbuotojas dr. Aurelijus Burokas
Projekto tikslas – iš pigių ir prieinamų žaliavų (burokėlių) sukurti funkcionalų, antidiabetinėmis savybėmis pasižymintį ir gerinantį žarnyno mikrobiotą maisto produktą.
Santrauka: Cukrinis diabetas –liga, kurią sukelia angliavandenių apykaitos sutrikimai, lemiantys gliukozės kiekio kraujyje padidėjimą, arba sumažėjimą. Tai sparčiai auganti sveikatos problema visoje Europoje įskaitant ir Lietuvą. Naujausi tyrimai parodė, kad cukriniu diabetu sergantys pacientai turi labai pakitusią žarnyno mikrobiotą. Tuo tarpu įprasti vaistai nuo diabeto siejami su tokiais šalutiniais poveikiais kaip inkstų komplikacijos, skrandžio sutrikimai ir niežėjimas. Vaistai nuo diabeto taip pat gali padidinti oportunistinių patogenų kiekį žarnyne. Kadangi žarnyno mikrobiotą galima manipuliuoti keičiant mitybą, būtina kurti antidiabetinius funkcionalaus maisto produktus, kurie neturi šalutinio poveikio ir gali „ištaisyti“ su diabetu susijusią žarnyno mikrobiotos disbiozę. Šiame tyrime ištirsime antidiabetinį fermentuotų burokėlių poveikį (labai paplitusi daržovė Rytų Europos virtuvėje ir joje gausu fenolio junginių, flavonoidų, betalainų ir kitų bioaktyvių junginių) dietos sukelto diabeto pelių žarnyno mikrobiotai jos metabolomai ir cukrinio diabeto gydymui. Prieš atliekant tyrimus su pelėmis, in vitro tyrimai antidiabetinių junginių patikrinimui ir atrinkimui iš raugintų burokėlių bus panaudojamos ląstelių MIN6 linija (ląstelės, kurios praranda gebėjimą išskirti insuliną, esant gliukozei imituojant ankstyvojo 2 tipo diabeto pradžią). Bus analizuojami žarnyno mikrobiotos ir jos metabolitų pokyčiai diabetinėms pelėms gaunant identifikuoto produkto. Apskritai turėtume geriau suprasti, kaip mūsų sukurtas funkcinis produktas keičia žarnyno mikrobiotą ir sušvelnina diabeto ligos eigą. Šis projekto rezultatai padės geriau suprasti kaip tam tikri fermentuotų burokėlių bioaktyvūs junginiai keičia žarnyno mikrobiotą ir stabdo diabeto vystymąsi. Galiausiai, taip pat bus optimizuotos naujojo identifikuoto antidiabetinio produkto kūrimo sąlygos, bei plėtojamas kaip funkcionalus maisto produktas vartotojui.
Projektas bendrai finansuojamas iš Europos socialinio fondo lėšų (projekto Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-23-0117) pagal dotacijos sutartį su Lietuvos mokslo taryba (LMTLT).
Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-19-0113 „Molekulinių įrankių skirtų genų redagavimui tyrimai pavienių molekulių lygyje“
Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių po doktorantūros studijų skatinimas“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Molekulinių įrankių skirtų genų redagavimui tyrimai pavienių molekulių lygyje“ (kodas 09.3.3.-LMT-K-712-19-0113). Projektas finansuojamas Europos socialinio fondo lėšomis.
Projekto trukmė – 2020-08-10 – 2022-08-09.
Stažuotojas – dr. Marijonas Tutkus.
Stažuotojo vadovas – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos instituto vyriausiasis mokslo darbuotojas dr. Mindaugas Zaremba
Projekto tikslas – tobulinti podoktorantūros stažuotojo mokslinę kvalifikaciją vykdant praktinę mokslinę veiklą, mokslinių idėjų mainus, skatinant mokslinės komunikacijos bei tinklaveikos kūrimąsi ir plėtrą.
Santrauka: Projekto tikslas – pagerinti podoktorantūros tyrėjų parengimą bei patobulinti jų kvalifikaciją ir mokslinė kompetenciją, kuomet stažuotojas įvykdęs projektą atsakys iškeltą mokslinį klausimą pradedant nuo suformuluotos hipotezės ir baigiant jos eksperimentiniu patikrinimu.
Projekto mokslinė tema – molekulinių įrankių skirtų genų redagavimui tyrimai pavienių molekulių lygyje.
Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-19-0054 „Heterologinės genų raiškos sistemos kūrimas termofilinėms bakterijoms“
Įgyvendinant 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių po doktorantūros studijų skatinimas“ Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Heterologinės genų raiškos sistemos kūrimas termofilinėms bakterijoms“ (kodas 09.3.3.-LMT-K-712-19-0054). Projektas finansuojamas Europos socialinio fondo lėšomis.
Projekto trukmė – 2020-08-24 – 2022-08-23.
Stažuotojas – dr. Arnoldas Kaunietis.
Stažuotojo vadovė – Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos instituto mokslo darbuotoja dr. Inga Matijošytė
Projekto tikslas – heterologinės genų raiškos sistemos kūrimas Geobacillus ir joms giminingos Parageobacillus genties bakterijoms.
Santrauka: Projekto tyrimų objektas – heterologinės genų raiškos sistemos kūrimas Geobacillus ir joms giminingos Parageobacillus genties bakterijoms. (Para)Geobacillus genčių bakterijos yra gram-teigiamos termofilinės bakterijos, augančios aukštoje temperatūroje, kurių optimalus augimas 50-75 °C. Jos yra įvairių, biotechnologiniu požiūriu svarbių, termostabilių fermentų ir kitų bioaktyvių medžiagų šaltinis. Pasitelkus genų inžineriją, (Para)Geobacillus genties bakterijas taip pat galima pritaikyti termostabilių fermentų ar įvairių metabolitų pvz., bioetanolio, ir kitų cheminių junginių biosintezei pramoniniu lygiu. Nepaisant didelio potencialo, termofilinių bakterijų platesnį pritaikymą biotechnologijoje šiuo metu stabdo ribotas genetinių priemonių pasirinkimas, kuris įgalintų metabolinių kelių modifikavimą ar naujų biosintezės kelių kūrimą, norint išgauti pakankamus kiekius tikslinio produkto. Siekiant palengvinti termofilinių bakterijų genetines manipuliacijas, taip paspartinant jų tyrimus ir pasiekti proveržį šių bakterijų pritaikymui biotechnologijoje, šiame darbe užsibrėžta sukurti naują bei patogesnį genų inžinerijos įrankį – genų raiškos sistemą termofilinėms bakterijoms. Šiam tikslui pasiekti bus naudojama antibakterinių peptidų, bakteriocinų, biosintezės reguliacijos mechanizmai ir jų genetiniai komponentai.
Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-19-0054 „Ekstremaliose aplinkose aptinkamų bakteriofagų tyrimai“
Įgyvendinant 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programos priemonės Nr. 09.3.3-LMT-K-712 „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių podoktorantūros studijų skatinimas“ VU Gyvybės mokslų centro Biomokslų institute vykdomas projektas „Ekstremaliose aplinkose aptinkamų bakteriofagų tyrimai.“ (kodas 09.3.3-LMT-K-712-19-0102). Projektas bendrai finansuojamas iš Europos socialinio fondo lėšų (projekto Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-19-0054) pagal dotacijos sutartį su Lietuvos mokslo taryba (LMTLT).
Projekto trukmė – 2020-09-07 – 2022-09-06.
Stažuotojas – dr. Eugenijus Šimoliūnas.
Stažuotojo vadovas – GMC Biomokslų instituto profesorė dr. Nomeda Kuisienė.
Projekto tikslas – praplėsti mūsų žinias apie ekstremaliose aplinkose aptinkamus bakteriofagus ir įvertinti galimą jų įtaką tokių ekosistemų funkcionavimui.
Santrauka: Žemėje egzistuoja daugybė ekosistemų, kuriose mikroorganizmai aptinkami esant itin nepalankiai (ekstremaliai) aplinkai, pavyzdžiui, aukštai arba žemai temperatūrai, dideliam slėgiui, druskingumui, toksinių medžiagų kiekiui ir panašiai. Nepaisant to, informacijos apie tokiose unikaliose ekosistemose egzistuojančius virusus, įskaitant bakteriofagus, iki šiol žinoma itin nedaug. Šio tyrimo tikslas – praplėsti mūsų žinias apie ekstremaliose aplinkose aptinkamus bakteriofagus ir įvertinti jų galimą įtaką tokių ekosistemų funkcionavimui. Dėl šios priežasties šio darbo metu bus atliekami Lietuvos teritorijoje esančių ekstremalių aplinkų (geoterminių, mineralinių šaltinių, kompostavimo įrenginių) bakteriofagų bioįvairovės tyrimai. Darbo metu bus atliekamas bakteriofagų, infekuojančių ekstremofilines bakterijas, izoliavimas, identifikavimas ir detalus charakterizavimas taikant šiuolaikinius virusologijos, molekulinės biologijos ir mikrobiologijos metodus, taip pat nuo kultivavimo nepriklausomą ir sekoskaita paremtą metagenomiką. Tikimasi, kad darbo metu gauti rezultatai ne tik praplės dabartines žinias apie iki šiol itin mažai tirtų ekstremalių aplinkų bakteriofagų morfologiją, genetiką ir evoliucinį ryšį su kitais virusais, bet ir leis identifikuoti naujus bakteriofagus, kurie (arba jų genų produktai) ateityje galbūt galėtų būti pritaikyti įvairiose maisto pramonės, biomedicinos ar nanobiotechnologijų srityse.
Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-19-0054 „Kompleksinė pirazinų ir jų darinių sintezė biokataliziniais metodais“
Įgyvendinant 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programos priemonės Nr. 09.3.3-LMT-K-712 „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių podoktorantūros studijų skatinimas“ VU Gyvybės mokslų centro Biochemijos institute vykdomas projektas „Kompleksinė pirazinų ir jų darinių sintezė biokataliziniais metodais“ (kodas 09.3.3-LMT-K-712-19-0055). Projektas bendrai finansuojamas iš Europos socialinio fondo lėšų (projekto Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-19-0054) pagal dotacijos sutartį su Lietuvos mokslo taryba (LMTLT).
Projekto trukmė – 2020-09-07 – 2022-09-06.
Stažuotojas – dr. Vytautas Petkevičius.
Stažuotojo vadovas – prof. dr. Rolandas Meškys.
Projekto tikslas – ugdyti tyrėjo mokslines kompetencijas gamtos mokslų srityje kuriant naujus įvairių pirazinų ir jų darinių biokatalizinės sintezės metodus.
Santrauka: Pirazinai ir jų dariniai yra medžiagos, turinčios labai platų pritaikymo spektrą – medicina, žemės ūkis, maisto pramonė, tekstilė ar net sprogmenų gamyba. Pagrindiniai šiuo metu naudojami jų sintezės metodai remiasi chemine sinteze, kuri nevisada yra suderinama su skatinamu ekologinių sprendimų taikymu. Deja, biokatalizės metodai šių medžiagų sintezėje, panaudojant tokius junginius metabolizuojančius fermentus ir mikroorganizmus, nėra plačiai išplėtoti. Projekto metu bus kuriami nauji biokataliziniai metodai, skirti kompleksinei įvairių pirazinų ir jų darinių sintezei. Tam bus taikomi įvairūs metabolinių kelių konstravimo metodai, pirazinų žiedo atidarymo reakcijas katalizuojančios oksigenazės, pirazinų N-oksidaciją katalizuojančios monooksigenazės ir pirazinus sintetinantys bei modifikuojantys mikroorganizmai.
Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-19-0054 „Neinvazinio gliukozės nustatymo metodo sukūrimas žuvų fiziologinio streso vertinimui“
Įgyvendinant 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programos priemonės Nr. 09.3.3-LMT-K-712 „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių podoktorantūros studijų skatinimas“ VU Gyvybės mokslų centro Biochemijos institute vykdomas projektas „Neinvazinio gliukozės nustatymo metodo sukūrimas žuvų fiziologinio streso vertinimui “ (kodas 09.3.3-LMT-K-712-19-0110). Projektas bendrai finansuojamas iš Europos socialinio fondo lėšų (projekto Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-19-0054) pagal dotacijos sutartį su Lietuvos mokslo taryba (LMTLT).
Projekto trukmė – 2020-09-14 – 2022-09-13.
Stažuotojas – dr. Tomas Makaras
Stažuotojo vadovas – GMC Biochemijos instituto vyriaus. m. d. dr. Julija Razumienė
Projekto tikslas – atlikti bendrus biocheminius ir ekologinius tyrimus siekiant sukurti ir pritaikyti neinvazinę biojutiklinio tipo gliukozės matavimo sistemą, kaip diagnostinį kriterijų, ankstyvojo streso žuvyse vertinimui, tuo pačiu keliant stažuotojo įgūdžius tarpdisciplininiuose tyrimuose
Santrauka: Dėl globalių aplinkos pokyčių, laukinės žuvų populiacijos yra nuolat veikiamos skirtingų aplinkos veiksnių (stresorių) tokių, kaip vandenynų rūgštėjimas ir šiltėjimas, ksenobiotikų bei patogenų, sukeliančių žuvų ligas. Streso poveikio vertinimo tyrimai yra labai svarbūs tiek fundamentiniu požiūriu, norint suprasti kaip aplinkos skirtumai lemia fenotipinius bruožus ir fiziologinę organizmų reakciją į stresorius, tiek taikomuoju, siekiant labiau sumažinti patiriamo streso padarinius, kad būtų pagerinta gyvūnų gerovė. Streso sukeltas poveikis gali pasireišti tiek molekuliniame, fiziologiniame, tiek ir viso organizmo lygmenyje priklausomai nuo streso tipo, poveikio trukmės ar stresorių sąveikos, todėl svarbu vertinti stresorių poveikį kompleskiškai įtraukiant, biocheminius, fiziologinius ir elgsenos parametrus žuvyse. Šiuo metu yra tik pavieniai tyrimai vertinant žuvų atsako į stresą pagal gliukozės koncentracjių pokyčius, o gauti rezultatai parodė kad ši sritis yra labai aktuali. Todėl, projekto metu bus siekiama sukurti neinvazinę biojutiklinio tipo gliukozės matavimo sistemą skirta žuvų streso vertinimui. Siekiant įvertinti sistemos taikymo galimybes praktikoje, bus atlikti žuvų biocheminiai, hematologiniai ir elgsenos tyrimai nustatant žuvų atsako į stresą skirtingame biologinės organizacijos lygmenyje sukeltus pokyčius bei tarpusavio ryšio priklausomybę į fizikinių, cheminių ir biologinių stresorių poveikyje. Šio projekto įgyvendinimas leis geriau suprasti kokios yra daugybinių aplinkos veiksnių pasekmės žuvims fiziologiniu-biocheminiu ir viso organizmo (elgsenos) lygmeniu bei kaip atsakai į stresą yra integruoti tarpusavyje. Projekto įgyvendinimas prisidės prie sukurimo ir aprobavimo naujos, neivazinės streso vertinimo procedūros pagal gliukozės pokyčius bei papildys jau esamus biologinius metodus, kurie yra taikomi ne tik ekotoksikologiniuose tyrimuose bet ir akvakultūroje. Stažuotojas įgis patirties vykdant biocheminius tyrimus susijusius su fermentais, jų pritaikymu elgsenos tyrimuose vertinant įvairių aplinko stresorių poveikį žuvims.
Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-19-0054 „Viraktoma - integratyvus funkcinis mielių viruso tyrimas“
Įgyvendinant 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programos priemonės Nr. 09.3.3-LMT-K-712 „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių podoktorantūros studijų skatinimas“ VU Gyvybės mokslų centro Biomokslų institute vykdomas projektas „ Viraktoma - integratyvus funkcinis mielių viruso tyrimas “ (kodas 09.3.3-LMT-K-712-19-0157). Projektas bendrai finansuojamas iš Europos socialinio fondo lėšų (projekto Nr. 09.3.3.-LMT-K-712-19-0054) pagal dotacijos sutartį su Lietuvos mokslo taryba (LMTLT).
Projekto trukmė – 2020-08-24 – 2022-08-23.
Stažuotojas – dr. Juliana Lukša.
Stažuotojo vadovas – GMC Biomokslų instituto profesorius dr. Saulius Serva.
Projekto tikslas – suformuluoti funkcinės mielių viruso analizės principus, kurie įgalintų pilnutinį viruso šeimininko interaktomos arba viraktomos aprašymą.
Santrauka: Projekto „Viraktoma – integratyvus funkcinis mielių viruso tyrimas“ idėja – viruso šeimininko ląstelės genų raiškos pokyčių susiejimas su šeimininko baltymais, viruso naudojamais savo ciklo reikmėms. Tyrimų tikslas yra suformuluoti funkcinės mielių viruso analizės principus, kurie įgalintų pilnutinį viruso šeimininko interaktomos arba viraktomos aprašymą. Galutinis siekinys – metaboliniais keliais paremtų ir susijusių baltymų rinkinys, kuris funkciškai susietų viruso proteomą ir viruso sąlygotus šeimininko genų raiškos pokyčius. Tokiu būdu apjungus šeimininko ir viruso sąveikos faktorių imtis, integratyvios analizės būdu būtų galima nustatyti viruso gyvavimui kritiškus ląstelės komponentus.
Nr. 09.3.3-LMT-K-712-02-0095 „Alternatyvusis pre-iRNR splaisingas: hipoksijos ir neurogedeneracinių ligų ryšys“
Įgyvendinant 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programos priemonės Nr. 09.3.3-LMT-K-712 „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių po doktorantūros studijų skatinimas“ VU GMC Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Alternatyvusis pre-iRNR splaisingas: hipoksijos ir neurogedeneracinių ligų ryšys “ (kodas 09.3.3-LMT-K-712-02-0095). Projektas finansuojamas Europos socialinio fondo lėšomis.
Projekto trukmė – 2017-12-04 – 2019-12-03.
Podoktorantūros stažuotės vadovas – VU GMC Biotechnologijos instituto dr. Arvydas Kanopka.
Podoktorantūros stažuotoja – dr. Eglė Jakubauskienė.
Projekto tikslas – tyrėjos kompetencijos kėlimas, tiriant hipoksijos įtaką su neurodegeneracinėmis ligomis susijusių iRNR (APP, MAPT) izoformų susidarymui ir šį procesą reguliuojančių splaisingo veiksnių - SR šeimos baltymų tyrimas hipoksinėse ląstelėse.
Santrauka: Lėtiniams neurodegeneraciniams susirgimams priklauso plačiai pasaulyje paplitusios neurologinės kilmės ligos (Alzheimerio, Parkinsono ir kt.), pažeidžiančios smegenų nervines ląsteles ir pasireiškiančios atminties, kalbos, suvokimo, elgsenos ir judėjimo sutrikimais. Literatūroje paskelbti naujausi duomenys teigia, kad deguonies trūkumas (hipoksija) ląstelės aplinkoje daro įtaką neurodegeneracinių ligų vystymuisi. Tai gali būti susiję su ląstelei būdingu atsaku į sumažėjusį deguonies kiekį, kurio metu stabilizuojami hipoksijos indukuojami veiksniai (HIF), aktyvinantys genų, reikalingų ląstelei išgyventi pakitusiomis aplinkos sąlygomis, transkripciją. Hipoksinėse ląstelėse be transkripcijos aktyvacijos vyksta alternatyviojo pre-iRNR splaisingo pokyčiai, susidarant iRNR izoformoms, nuo kurių sintetinami baltymai siejami su įvairiomis žmogaus ligomis, įskaitant ir neurodegeneracines ligas.
Projekte numatoma tirti ar / kaip kinta genų, siejamų su neurodegeneracinėmis ligomis, alternatyvusis splaisingas priklausomai nuo deguonies kiekio aplinkoje ir nustatyti splaisingo veiksnių - SR šeimos baltymų įtaką šioje reguliacijoje. Iškeltam tikslui pasiekti bus sprendžiami šie uždaviniai: i) tiriama ar / kaip sumažėjus deguonies kiekiui ląstelių aplinkoje kinta APP ir MAPT iRNR izoformų susidarymas smegenų ląstelių linijose (U-87 MG ir SK-N-Be), kultivuotose normaliomis (21% O2) ir hipoksinėmis (1% O2) sąlygomis; ii) tiriama individualių SR šeimos baltymų įtaka APP ir MAPT iRNR izoformų susidarymui smegenų ląstelėse, augintose normaliomis deguonies ir hipoksinėmis sąlygomis. Siekiant padidinti individualių SR baltymų raišką, juos koduojančios plazmidinės DNR bus transfekuojamos į ląsteles, o šių baltymų raiškos sumažinimui bus naudojama CRISP/Cas9 sistema arba atitinkamos siRNR. iRNR izoformų susidarymas bus analizuojamas PGR ir tikro laiko PGR metodais.
Gauti tyrimų rezultatai, kurie bus pristatyti dviejose mokslo straipsniuose tarptautiniuose leidiniuose ir tarptautinėje konferencijoje, papildys žinias apie hipoksijos įtaką neurodegeneracinių ligų vystymuisi, kas padės geriau suprasti šių ligų patogenezę ir leis nustatyti naujus neurodegeneracinių ligų žymenis.
Nr. 09.3.3-LMT-K-712-02-0094 „Pneumolizino tyrimai imunologiniais metodais“
Įgyvendinant 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programos priemonės Nr. 09.3.3-LMT-K-712 „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių po doktorantūros studijų skatinimas“ VU GMC Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Pneumolizino tyrimai imunologiniais metodais“ (kodas 09.3.3-LMT-K-712-02-0094). Projektas finansuojamas Europos socialinio fondo lėšomis.
Projekto trukmė – 2017-12-04 – 2019-12-03
Stažuotės vadovė – VU GMC Biotechnologijos instituto prof. Aurelija Žvirblienė.
Stažuotoja – dr. Indrė Kučinskaitė-Kodzė.
Projekto tikslas – tyrėjos kvalifikacijos kėlimas, tiriant pneumolizino struktūrą ir funkcijas imunologiniais metodais.
Santrauka: Streptococcus pneumoniae – bakterija, sukelianti sunkią pneumokokinę ligą, dėl kuris kasmet miršta beveik milijonas jaunesnių nei 5 metų vaikų. Dažniausios mirtingumo priežastys yra ūmūs plaučių ir širdies pakenkimai. Pneumolizinas (PLY) yra S. pneumoniae poras formuojantis cholesterolį prijungiantis toksinas, kuris atsakingas už šios bakterijos virulentiškumą. Todėl PLY yra laikomas svarbiu kandidatu kuriant nepriklausomas nuo serotipų vakcinas bei šį toksiną neutralizuojančias priemones. Kadangi vis svarbesnis tampa PLY neutralizavino strategijų klinikinis potencialas, svarbu tirti PLY antigeninę struktūrą ir identifikuoti PLY sritis, atsakingas už šios bakterijos virulentiškumą.
Šiame projekte planuojama sukurti naujus antikūnus prieš PLY, kurie galės būti panaudojami diagnostikai ir PLY neutralizavimui. Sukurtieji antikūnai bus panaudojami PLY nustatymui imunofermentinės analizės metodu (ELISA), kuris būtų pranašesnis už šiuo metu naudojamus molekulinius, mikrobiologinius ir imunologinius S. pneumoniae nustatymo metodus. Tikimasi, kad šis tyrimas suteiks naujų duomenų apie paviršiuje eksponuotas, B ląstelių atpažįstamas PLY sritis, kurios svarbios citolitiniam veikimui. Planuojamas tyrimas yra naujas ir papildantis šiuo metu naudojamus fizikinius-cheminius bei struktūrinius PLY tyrimo metodus. Šio tyrimo rezultatai gali suteikti naujų duomenų neseniai paskelbtam PLY 3D modeliui (Lawrence et al., 2015), nustatant tikslines sekas potencialioms vakcinoms ir neutralizuojantiems agentams. Taigi planuojamas tyrimas prisidės prie PLY struktūrinių ir funkcinių tyrimų pažangos.
Rezultatai bus pristatyti mokslo straipsnyje tarptautiniame žurnale, Lietuvos leidinyje, tarptautinėje konferencijoje bei mokslo populiarinimo renginyje.
Nr. 09.3.3-LMT-K-712-02-0092 „Bakterijų koduojamų kolageno tipo baltymų paieška, heterologinė raiška ir charakterizavimas“
Įgyvendinant 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programos priemonės Nr. 09.3.3-LMT-K-712 „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių podoktorantūros studijų skatinimas“ VU GMC Biomokslų institute vykdomas projektas „Bakterijų koduojamų kolageno tipo baltymų paieška, heterologinė raiška ir charakterizavimas“ (kodas 09.3.3-LMT-K-712-02-0092). Projektas finansuojamas Europos socialinio fondo lėšomis.
Projekto trukmė – 2017-12-04 – 2019-12-03
Mokslinio tyrimo vadovė – VU GMC Biomokslų instituto prof. Nomeda Kuisienė.
Podoktorantūros stažuotoja – dr. Rūta Kananavičiūtė.
Projekto tikslas – identifikuoti naujus į kolageną panašius ekstremofilinių bakterijų baltymus bei įvertinti jų pritaikymo biomedicioje potencialą.
Santrauka: Bakterijų baltymai, panašūs į gyvūnų kolagenus, susilaukia vis daugiau tyrėjų dėmesio dėl galimybės pritaikyti biomedicinoje – audinių regeneracijai ir vaistų kūrimui. Be to, dėl galimybės juos lengvai modifikuoti bakterijų kolageno tipo (KT) baltymai gali būti naudojami kaip modelis gyvūnų kolagenų tyrimams. Iki šio projekto rašymo datos aprašyti tik kelių patogeninių bakterijų ir kelių dirvos mezofilinių bakterijų KT baltymai. Panagrinėjus genomų duomenų bazes matyti, kad į kolageną panašūs baltymai būdingi daugeliui įvairių bakterijų, tarp jų ir ekstremofilams. Visi ekstremofilinių bakterijų baltymai, įskaitant ir KT baltymus, gali pasižymėti didesniu stabilumu esant aukštesnei temperatūrai, didelei druskų koncentracijai, ekstremalioms pH vertėms, tačiau iki šiol nė vienas iš tokių baltymų dar netirtas ir neaprašytas.
Tai paskatino išsikelti tikslą identifikuoti naujus į kolageną panašius ekstremofilinių bakterijų baltymus, įvertinti jų pritaikymo biomedicinoje potencialą. Tikslas bus pasiektas įvykdžius vieną pagrindinį uždavinį: atlikus naujų genų, koduojančių ekstremofilinių KT baltymus, paiešką, tų genų heterologinę raišką ir jų savybių tyrimą. Uždavinio įgyvendinimui bus atliekama bioinformatinė duomenų analizė, tiriamų genų klonavimas, bakterijų ir mielių kamienų transformacija, heterologinė tiriamo baltymo gamyba naudojant prokariotų ir eukariotų raiškos sistemas, viduląstelinių ir sekretuojamų baltymų skyrimas, baltymų gryninimas chromatografijos metodais, išgryninto baltymo proteolizinė analizė, cirkuliarinio dichroizmo spektrometrija, terminio poslinkio matavimai.
Gavus tyrimų rezultatus, bus aprašytas vienas ar daugiau naujų KT bakterijų baltymų. Tai padės geriau suprasti šiuos daugybei bakterijų būdingus, tačiau labai menkai ištirtus baltymus, be to, praplės biomedicinai naudingų biomedžiagų pasirinkimą. Tikimasi, kad darbe aprašyti baltymai savo stabilumu bus pranašesni už jau žinomus KT baltymus.
Nr. 09.3.3-LMT-K-712-02-0076 „Membraninių peptidų struktūros tyrimai poliarizacinės spektroskopijos metodais“
Įgyvendinant 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programos priemonės Nr. 09.3.3-LMT-K-712 „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių podoktorantūros studijų skatinimas“ VU Gyvybės mokslų centro Biochemijos institute vykdomas projektas „Membraninių peptidų struktūros tyrimai poliarizacinės spektroskopijos metodais“ (kodas 09.3.3-LMT-K-712-02-0076). Projektas finansuojamas Europos socialinio fondo lėšomis.
Projekto trukmė – 2017-12-04 – 2019-12-03
Mokslinio tyrimo vadovas – VU GMC Biochemijos instituto Bioelektrochemijos ir biospektroskopijos skyriaus vadovas dr. Gintaras Valinčius.
Podoktorantūros stažuotojas – dr. Saulius Tumėnas.
Projekto tikslas – ištirti peptidų sąveiką su dvisluoksnių membranų sistemomis pasitelkiant bekontakčius optinius metodus bei panaudojant VU GMC sukurtus paviršiuje imobilizuotus membranų modelius.
Santrauka: Pastaraisiais metais membraniniai baltymai ir peptidai susilaukė didelio biochemikų ir farmacijos susidomėjimo. Viena intensyviai vystomų tiek fundamentinių, tiek taikomųjų tyrimų krypčių orientuota į antimikrobinius peptidus ir transportinius peptidus. Membraninių peptidų veikimo mechanizmas ir struktūra nėra iki šiol gerai ištirti, ypač jų natūralioje aplinkoje – sąlytyje su pačia membrana. To priežastis – efektyvių instrumentinių struktūrinių tyrimų metodų, leidžiančių molekuliniame lygyje įvertinti su membranomis asocijuotų baltymų ir peptidų struktūrą, trūkumas. Net identifikavus afininiais metodais baltymų-membranų sąveiką, neaišku, kaip vyksta membranos pažeidimas ar kiti procesai, pavyzdžiui, laikinas prasiskverbimas pro ją ir kaip tai priklauso nuo peptido savybių: sąveikos konstantos, konformacijos, orientacijos ir saviorientacijos dvisluoksnės membranos atžvilgiu.
Projektu siekiama pasitelkiant poliarizacinės spektroskopijos metodikas ištirti paviršiuje imobilizuotų fosfolipidų orientuotų membranų dvisluoksnius ir jų sąveikos su peptidais (auerinai) dinamiką tiek ex-situ, tiek in-situ režimuose. Tyrimai planuojami plačioje spektrinėje srityje UV-FIR siekiant nustatyti tiek elektroninių, tiek virpesinių sužadinimų ypatumus esant kontroliuojamam elektrodo potencialui. Sėkmingam projektui bus išvystyta daugiametodinė eksperimentinė prieiga, kuri galėtų būti taikoma ne tik antimikrobinių peptidų, bet ir vaistinių preparatų sąveikoms su membranomis tyrimams, įvairių ligų, susijusius su pakitimais membranų proteome, tyrimais, reikšmingai prisidėtų prie biomedicininių eksperimentinių metodų plėtojimo.
Nr. 09.3.3-LMT-K-712-02-0067 „Erdvinės pavienių ląstelių RNR sekoskaitos metodikos sukūrimas“
Įgyvendinant 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programos priemonės Nr. 09.3.3-LMT-K-712 „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių podoktorantūros studijų skatinimas“ VU Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Erdvinės pavienių ląstelių RNR sekoskaitos metodikos sukūrimas“ (kodas 09.3.3-LMT-K-712-02-0067). Projektas finansuojamas Europos socialinio fondo lėšomis.
Projekto trukmė – 2017-12-01–2019-12-03
Mokslinio tyrimo vadovas – VU GMC Biotechnologijų instituto Mikrotechnologijų skyriaus vadovas dr. Linas Mažutis.
Podoktorantūros stažuotojas – dr. Karolis Leonavičius.
Projekto tikslas - Patologinė audinių analizė, paremta specifniais antikūnais ir mikroskopija, yra plačiai naudojama biomedicinos tyrimuose, pavyzdžiui, identifikuojant vėžį, infekcijas ir kitas sudėtingas ligas. Tačiau tokie metodai vienu metu leidžia analizuoti tik ribotą kiekį molekulinių žymenų (paprastai 3–4). Dėl to tampa praktiškai neįmanoma detaliai charakterizuoti audinius ir priskirti pacientus tinkamoms gydymo grupėms. Modernūs, sekoskaita pagrįsti metodai kaip pavienių ląstelių RNR sekoskaita leidžia vienu metu nustatyti didelius žymenų kiekius, tačiau analizės metu prarandama informacija apie erdvinį ląstelių išsidėstymą, nes suardoma audinio struktūra. Sujungus fluorescensinę mikroskopiją su pavienių ląstelių RNR sekoskaita įmanoma sukurti tokį metodą, kuris leistų vienu metu tikimybiškai įvertinti ir ląstelių vietą audinyje, ir jų genų raiškos profilį.
Projekto santrauka: Pasaulyje plačiai paplitę diagnostiniai tyrimai, kurių metu derinama informacija apie baltymų ir RNR lokalizaciją audiniuose (Definiens, Inc., Mediantechnologies, Inc.). Šio tipo diagnostika plačiai naudojama charakterizuojant vėžinius darinius, klasifikuojant pacientus pagal spėjamą jų atsaką vaistams. Tačiau esamos metodikos trūkumas yra našumas. Kadangi mikroskopija vienu metu leidžia išmatuoti tik keletą genų, pacientų atsako į vaistus rūšiavimas tampa praktiškai neįmanomas. Šiai problemai spręsti prieš porą metų sukurtas didelio našumo RNR sekoskaitos metodas, paremtas mikroskysčių technologijomos (1–3). Deja, mėginio paruošimo metu audinys suskaidomas į pavienes ląsteles. Dėl to prarandama informacija apie ląstelių išsidėstymą audinyje. Todėl gautus duomenis yra itin sunku suderinti su kitokio tipo diagnostine informacija (imunohistochemija arba in situ hibridizacija). Ši problema išlieka itin aktuali šių dienų biomedicinoje ir diagnostikoje. Nors egzistuoja keletas potencialių RNR sekoskaitos ir mikroskopijos duomenų derinimo būdų (4–6), dėl kompleksiškumo ir riboto taikomumo jie nesulaukė platesnio pritaikymo (7). Šio projekto tikslas – sukurti metodą, leidžiantį įvertinti pavienių ląstelių erdvinę poziciją audinyje ir nustatyti jų tranksriptomą. Tikslui įgyvendinti bus sujungta fluorescentinė mikroskopija, mikroskysčių technologijos, pavienių ląstelių RNR sekoskaita, duomenų analizė, biocheminiai ir analitiniai metodai.
Nr. 09.3.3-LMT-K-712-02-0006 „Nepakeistą sulfonamido grupę turinčių vaistų atrankumas žmogaus karboanhidrazėms“
Pagal 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 9 prioriteto „Visuomenės švietimas ir žmogiškųjų išteklių potencialo didinimas“ 09.3.3-LMT-K-712 priemonės „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ remiamą veiklą „Stažuočių podoktorantūros studijų skatinimas“ skyriuje įgyvendinamas projektas Nr. 09.3.3-LMT-K-712-02-0006 „Nepakeistą sulfonamido grupę turinčių vaistų atrankumas žmogaus karboanhidrazėms“. Projektas finansuojamas Europos socialinio fondo lėšomis. Priemonės įgyvendinimą administruoja LR Švietimo ir mokslo ministerija ir Lietuvos mokslo taryba.
Planuojama projekto trukmė: 2017–2019 m., bendra projekto vertė 40 360,32 Eur.
Projekto vykdytojas – Vilniaus universitetas.
Podoktorantūros stažuotoja – dr. Lina Baranauskienė.
Podoktorantūros stažuotės vadovas – prof. dr. Daumantas Matulis.
Projekte siekiama ištirti nepakeistą sulfonamido grupę struktūroje turinčių, įvairių ligų gydymui naudojamų, vaistų atrankumo žmogaus karboanhidrazėms profilius. Analizei bus naudojami biocheminiai ir biofizikiniai metodai. Tikimasi, kad projekto rezultatai padės patikslinti esamų vaistų savybes, pasiūlys naujų jų taikymų ar derinių, taip pat padės tiksliau suprasti, kokių savybių reikia naujai kuriamiems šių fermentų aktyvumą moduliuojantiems junginiams.