Vykdomi projektai
Nr. 13.1.1-LMT-K-718-05-0031 „Diagnostinės paskirties antikūnų prieš SARS-CoV-2 kūrimas“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Diagnostinės paskirties antikūnų prieš SARS-CoV-2 kūrimas“, projekto Nr. 13.1.1-LMT-K-718-05-0031 finansuojamas Europos regioninės plėtros fondo lėšomis kaip Europos Sąjungos atsako į COVID-19 pandemiją priemonė Nr. 13.1.1-LMT-K-718 „Tiksliniai moksliniai tyrimai sumanios specializacijos srityje“.
Projekto trukmė: nuo 2021-11-04 iki 2023-09-01.
Mokslinio tyrimo vadovas – vyriausioji mokslo darbuotoja Aurelija Žvirblienė>
Projekto tikslas – sukurti monokloninius antikūnus prieš SARS-CoV-2 viruso antigenus – nukleokapsidės (N) ir spyglio (S) baltymus, juos išsamiai apibūdinti ir pritaikyti viruso baltymų antigeninės struktūros tyrimams bei diagnostikai. Projekte numatyta atrinkti aukšto afiniškumo monokloninius antikūnus ir jų pagrindu sukurti diagostinius metodus, kurie neprarastų efektyvumo plintant naujiems viruso variantams. Sukurtieji antikūnai bus išsamiai apibūdinti ir pritaikyti SARS-CoV-2 baltymų antigeninės struktūros tyrimams, siekiant gauti naujų mokslinių žinių apie jų imunodominuojančius epitopus. Šios žinios svarbios kuriant vakcinas ir diagnostinius reagentus.
Siekiamas rezultatas: nauji komercinimui tinkami monokloniniai antikūnai ir jų pagrindu sukurti diagnostikos metodai. Projekte sukurtų monokloninių antikūnų panaudojimą imunodiagnostikai planuojama tęsti ir pasibaigus projektui, dėl poreikio kurti naujas imunodiagnostines sistemas SARS-CoV-2 ir kitų virusinių infekcijų nustatymui.
Nr. 13.1.1.-LMT-K-718-05-0004 „Padidinto jautrumo skaitmeninio AT-PGR metodo, skirto absoliučiam SARS-CoV-2 viruso kvantifikavimui, išvystymas“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Padidinto jautrumo skaitmeninio AT-PGR metodo, skirto absoliučiam SARS-CoV-2 viruso kvantifikavimui, išvystymas“ Nr. 13.1.1.-LMT-K-718-05-0004. Projektas finansuojamas Europos regioninės plėtros fondo lėšomis kaip Europos Sąjungos atsako į COVID-19 pandemiją priemonė Nr. 13.1.1.-LMT-K-718 „Tiksliniai moksliniai tyrimai sumanios specializacijos srityje“.
Projekto vykdymo laikotarpis: nuo 2021-11-04 iki 2023-09-01.
Mokslinio tyrimo vadovas: GMC Biotechnologijos instituto mokslo darbuotojas dr. Rapolas Žilionis.
Projekto tikslas: Padidinto jautrumo testai leidžiantys tiksliai įvertinti viruso paplitimą populiacijoje yra viena iš esminių priemonių tiek identifikuojant naujus SARS-CoV-2 židinius, tiek valdant pandemijos paplitimą. Priklausomai nuo testavimo rezultatų yra priimami svarbūs socioekonominiai sprendimai nulemiantys žmonių gyvenimo apribojimus. Žemo jautrumo ir prasto atsikartojamumo analitiniai metodai, yra net tik nepageidaujami, bet ir gali turėti žalingų padarinių. Todėl svarbu taikyti kuo jautresnius testus ir analizes. Nuo 2020 m. pasaulyje buvo atlikta virš 500 milijonų SARS-CoV-2 testų, o jų poreikis tebeauga atsirandant naujiems viruso variantams. Deja plačiai naudojamo atvirkštinės transkripcijos PGR (AT-PGR) testas, turi detekcijos ribą ~100-1000 viruso genomų vienoje reakcijoje, o tai savo ruožtu nulemia plačiai varijuojantį klinikinį jautrumą (32-96%), kuris priklauso nuo mėginio paėmimo laiko ir audinio, viruso titro, inhibitorių ir kitų faktorių. Atsižvelgiant į šiuos trūkumus, šio projekto metu bus vystomas padidinto jautrumo skaitmeninis AT-PGR metodas skirtas absoliučiam tiriamos genetinės informacijos nustatymui mėginyje. Projekto idėja remiasi lašelių mikroskysčių technologija ir jos teikiamais privalumais: absoliutus analitės kvantifikavimas, didesnis atsparumas analitines reakcijas slopinantiems veiksniams, tokiems kaip foninės DNR perteklius ar polimerazės slopikliai. Sukurtas padidinto jautrumo metodas išplės dabartines testavimo galimybes. Pavyzdžiui, galima bus tirti didesnes grupes kaupinių metodu arba aptikti itin mažus kiekius virusinės DNR aplinkos mėginiuose. Parinkus skirtingus DNR pradmenis tuo pat metu bus galima detektuoti tiek laukinio, tiek mutantinio tipo variantus.
Rezultatas: Įgyvendinus projektą bus sukurtas itin jautrus molekulinis testas SARS-CoV-2 virusui aptikti. Rezultatai bus aprašyti publikacijoje, skiriant dėmesį metodologijos aiškumui ir atkartojamumui. Tai užtikrins projekto metu įgytų praktinių žinių sklaidą ir leis plačiai mokslo bendruomenei metodą pradėti taikyti ir pagal poreikius modifikuoti. Šis rezultatas susijęs su visomis Sumaniosios specializacijos prioriteto „Sveikatos technologijos ir biotechnologijos“ tematikomis, ypač su „Pažangios taikomosios technologijos asmens ir visuomenės sveikatai” kūrimu. Išvystytas produktas bus publikuotas mokslinėje literatūroje, skiriant ypatingą dėmesį metodologijos aiškumui ir atkartojamumui. Poreikis šio ir panašių projektų rezultatams akivaizdus pasauliniu mastu dėl koronaviruso pandemijos. Net ir suvaldžius SARS-CoV-2, neatsiejama kasdienybės dalimi liks viruso paplitimo visuomenėje ir aplinkoje monitoringas. Pasiekus žemus infekcijos lygius itin jautrus testas taps ypač aktualus. Taip yra dėl to, kad vienas geriausių būdų didinti testavimo apimtis ir mažinti sunaudojamus resursus yra mėginių tyrimas kaupinių metodu, kuomet vienos analitinės reakcijos metu tiriamas mėginių mišinys. Jei mišinys neigiamas, darome išvada, kad visi sugrupuoti mėginiai neigiami. Taikant auksinį standartą – AT-kPGR – grupių dydį esant žemiems infekcijos lygiams riboja būtent metodo jautrumas. Šį apribojimą išsprendžia mūsų siūlomas projektas.
Nr. 13.1.1.-LMT-K-718-05-0001 „Junginių efektyvumo slopinant SARS CoV-2 rekombinantinius virusinius fermentus įvertinimo technologijos prototipo sukūrimas“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Junginių efektyvumo slopinant SARS CoV-2 rekombinantinius virusinius fermentus įvertinimo technologijos prototipo sukūrimas“ Nr. 13.1.1.-LMT-K-718-05-0001. Projektas finansuojamas Europos regioninės plėtros fondo lėšomis kaip Europos Sąjungos atsako į COVID-19 pandemiją priemonė Nr. 13.1.1.-LMT-K-718 „Tiksliniai moksliniai tyrimai sumanios specializacijos srityje“.
Projekto vykdymo laikotarpis: nuo 2021-11-04 iki 2023-09-01.
Mokslinio tyrimo vadovas: GMC Biotechnologijos instituto vyresnioji mokslo darbuotoja dr. Jurgita Matulienė.
Projekto tikslas: Greitam ir efektyviam cheminių junginių bibliotekos patikrai prieš SARS CoV-2 viruso fermentus panaudoti ir validuoti ThermoFluor technologiją. Ši technologija suteiks galimybę atrasti cheminius junginius, inhibuojančius vieną ar kelis koronaviruso baltymus, kurie galės būti vystomi kaip potencialūs vaistai. Efektyvaus priešvirusinio vaisto atradimas yra vienas didžiausių poreikių, padėsiančių įveikti koronaviruso infekciją. Nepaisant skiepijimo Covid-19 vakcina, daugelis žmonių vis tiek gali susidurti su šia virusine infekcine liga, o nesant efektyvių vaistų, mirčių nebus išvengta. Vaisto sukūrimo kelias yra labai ilgas ir brangus procesas, prasidedantis nuo junginio, sąveikaujančio su baltymu-taikiniu, atradimo ir pasibaigiantis klinikiniu validavimu bei vaisto patvirtinimu Maisto ir vaistų administracijos (angl. FDA). Nepaisant didžiulių pastangų, šiuo metu nėra patvirtintų junginių, kurie efektyviai veiktų kaip Covid-19 priešvirusiniai vaistai. Todėl yra poreikis viruso fermentų testavimui panaudoti didesnes ir įvairesnės struktūros cheminių junginių bibliotekas, o junginių priešvirusinio efektyvumo įvertinimui pritaikyti greitas metodologijas, kas yra racionalaus vaistų kūrimo pagrindas.
Rezultatas: Šiuo projektu siekiame prisidėti prie šiuo metu pasaulyje intensyviai vykdomų pastangų atrasti vaistus prieš koronaviruso infekciją. Mes esame susintetinę ir sukaupę unikalią virš 1200 cheminių junginių biblioteką, šie junginiai remiantis jų fizikocheminėmis savybėmis gali būti vystomi kaip potencialūs farmaciniai vaistai. Šių junginių biblioteką panaudosime koronaviruso fermentų jungimosi giminingumui nustatyti, siekdami atrasti cheminių struktūrų elementus, lemiančius padidėjusį giminingumą vienam ar keliems viruso fermentams. Šie junginio struktūriniai elementai gali būti naudojami kuriant ir sintetinant naujus didesnio giminingumo baltymui-taikiniui junginius.
Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0021 „Naujų metodų paieška neurodegeneracinių ligų gydymui“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Naujų metodų paieška neurodegeneracinių ligų gydymui“, projekto Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0021. Projektas finansuojamas Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis pagal Priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“.
Projekto trukmė: 2020-10-01 – 2023-09-01
Mokslinio tyrimo vadovas – vyresnysis mokslo darbuotojas Evaldas Čiplys.
Santrauka: Projekto tikslas – patikrinti žmogaus rekombinantinių ET šaperonų, kurie slopina su neurodegeneraciniais sutrikimais susijusių baltymų agregaciją, efektyvumą šių ligų modeliuose tiek in vitro, tiek ir in vivo. Tai suteikia galimybę atrasti naujus įrankius ir metodus šių sutrikimų gydymui.
Įvertinti potencialius naujus įrankius ir metodus gydyti neurodegeneraciniems sutrikimams (ND), patikrinant visos eilės žmogaus rekombinantinių ET šaperonų poveikį ND modeliuose in vitro ir in vivo. Įgyti fundamentinių ir taikomųjų žinių, atveriančių naujus kelius gydyti specifinius žmogaus ND, panaudojant apibrėžtas kombinacijas atrinktų žmogaus ET šaperonų baltymų produktų, kurie galėtų būti gaminami klinikiniams tyrimams.
Rezultatas: mažiausiai keturių rekombinantinių žmogaus ET šaperonų patikrinimas prieinamuose molekulinių sąveikų modeliuose, kurie įvertina agregacijos slopinimo kinetiką įvairių baltymų, susijusių su keleto skirtingų ND išsivystymu. Efektyviausių atrinktų žmogaus ET šaperonų kombinacijų testavimas atitinkamuose pelių modeliuose, apimant skirtingus šaperonų produktų pateikimo kelius.
Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0036 „Meningokoko izoliatų virulentinio potencialo tyrimai: prielaidos efektyviai invazinės meningokokinės infekcijos molekulinei diagnostikai“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Meningokoko izoliatų virulentinio potencialo tyrimai: prielaidos efektyviai invazinės meningokokinės infekcijos molekulinei diagnostikai“ Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0036. Projektas finansuojamas Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis pagal Priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“.
Projekto vykdymo laikotarpis: nuo 2020-10-01 iki 2023-09-01
Mokslinio tyrimo vadovas: GMC Biotechnologijos instituto vyriausioji mokslo darbuotoja dr. Milda Plečkaitytė
Projektas vykdomas kartu su partneriu: VšĮ Vilniaus universiteto ligoninės Santaros klinikomis
Projekto tikslas: pritaikyti, išvystyti ir panaudoti molekulinius Neisseria meningitidis genotipavimo metodus invazyvios meningokokinės infekcijos stebėsenai Lietuvoje ir identifikuoti potencialius molekulinius žymenis, siejamus su N.meningitidis virulentiškumu. Siekiama genotipuoti invazyvius ir besimptomių žmonių nešiojamus N.meningitidis kamienus, cirkuliuojančius Lietuvoje.
Bus siekiama įdiegti modernius N.meningitidis kamienų genotipavimo metodus ir nustatyti potencialius N.meningitidis virulentiškumo (invazyvumo) molekulinius žymenis, kurie leistų atlikti cirkuliuojančių Lietuvoje invazyvių N.meningitidis kamienų stebėseną, atitinkančią visuomenės sveikatos poreikius. Nežinoma, kiek Lietuvoje besimptomių asmenų yra nešiotojai ir potencialūs invazyvių meningokokų kamienų perdavėjai. N.meningitidis perdavimas vyksta oro lašeliniu būdu nuo IMI sergančiųjų arba nuo besimptomių meningokokų nešiotojų.
Invazinė meningokokinė infekcija (IMI) yra sunki ir gyvybei pavojinga liga, sukeliama bakterijos Neisseria meningitidis dar vadinamos meningokoku. IMI vystosi žaibiškai, sukeldama bakteremiją ir/arba meningitą; mirtingumas nuo IMI siekia 5-10%. Europos ligų prevencijos ir kontrolės centro (ECDC) duomenimis, sergamumas IMI Lietuvoje dėl nežinomų priežasčių yra didžiausias ES/EEE šalyse ir toks išlieka jau daugiau nei dešimtmetį. Europoje sergamumas šia liga stabiliai mažėja, įskaitant ir kaimynines Lenkiją, Latviją ir Estiją. Lietuvoje sergamumas IMI ypač didelis jaunesnių nei 5 m. vaikų amžiaus grupėje. Tai kelia didelį susirūpinimą visuomenėje, todėl situacija reikalauja imtis aktyvios IMI stebėsenos, kuri negalima be molekulinės epidemiologijos, leidžiančios prognozuoti sergamumą IMI, numatyti ligos protrūkius ir vakcinacijos strategiją. Deja, iki šiol Lietuvoje IMI stebėsena yra pasyvi, apsiribojanti ligos atvejų konstatavimu. N.meningitidis kamienai nėra apibūdinami molekuliniais metodais, naudojamais tarptautiniu mastu.
Rezultatas - projekto vykdymo metu bus nustatomas N.meningitidis nešiojimo dažnis besimptomių 19-25m. amžiaus asmenų grupėje Vilniaus regione, kuriame didžiausias sergamumas IMI. Nešiojamų meningokokų kamienų išsamus apibūdinimas, kaip numatyta projekte, leistų įvertinti jų plitimo kelius ir numatyti IMI prevencines priemones. N.meningitidis kamienų duomenys bus pateikti į tarptautinę atviros prieigos duomenų bazę ir sukurtas naujas skaitmeninis išteklius, kuriuo galės naudotis tarptautinė mokslo bendruomenė.
Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0003 “Alzheimerio ligos gydymui skirtų vaistinių kandidatinių junginių, slopinančių BACE1 fermentinį aktyvumą ir Aβ peptido agregaciją, kūrimas“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas “Alzheimerio ligos gydymui skirtų vaistinių kandidatinių junginių, slopinančių BACE1 fermentinį aktyvumą ir Aβ peptido agregaciją, kūrimas”, projekto Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0003. Projektas finansuojamas Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis pagal Priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“.
Projekto trukmė: 2020-10-01 – 2023-09-01
Mokslinio tyrimo vadovas – vyriausiasis mokslo darbuotojas D. Matulis.
Santrauka. Projekto tikslas - sukurti ir užpatentuoti vaistinius kandidatinius junginius, kurie galėtų būti naudojami vystant vaistus nuo Alzheimerio ligos. Europa susiduria su visuomenės senėjimo iššūkiais, tačiau rinkoje nėra kliniškai patvirtintų vaistų nuo Alzheimerio ligos. Pasaulio sveikatos organizacija paskelbė, kad 2020–2030 m. bus sveiko senėjimo dešimtmetis - tikslas, kurį vargu ar įmanoma pasiekti be veiksmingų vaistų nuo Alzheimerio ligos.
Rezultatas - Projekto metu ištirsime, ar mūsų cheminių junginių bibliotekoje esančios molekulės pasižymi antiagregacinėmis ir Alzheimerio ligoje dalyvaujančius fermentus slopinančiomis savybėmis. Perspektyviausi junginiai bus patentuojami ir vėliau vystomi farmacinių kompanijų. Projektas apims rekombinantinių peptidų ir baltymų gamybą, jų biocheminį ir biofizikinį charakterizavimą, ligandų jungimosi tyrimus ir lyderinių junginių sintezę.
Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0099 “Žarnyno mikrobiotos žymenys, sergant autizmo spektro ligomis“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biochemijos institute vykdomas projektas „Žarnyno mikrobiotos žymenys, sergant autizmo spektro ligomis“, projekto Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0099. Projektas finansuojamas Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis pagal Priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“.
Projekto trukmė: 2020-10-01 – 2023-11-30
Mokslinio tyrimo vadovas – vyriausiasis mokslo darbuotojas Aurelijus Burokas.
Santrauka. Projekto tikslas yra ištirti Autizmo spektro sutrikimą (ASS) turinčių vaikų mikrobiotos perkėlimo terapijos efektyvumą ir nustatyti galimus žarnyno mikrobiotos biožymenis-taikinius, siekiant sukurti sistemą, leidžiančią tiksliai aptikti nustatytus biožymenis, juos reguliuoti bei stebėti jų pokyčius laike. Tai būtų didelis proveržis personalizuotos sveikatos srityje, ypač kuriant ASS simptomų pasireiškimo mažinimo terapiją.
Rezultatas - tai tyrimų sritis, kuriai pastaraisiais metais skiriamas vis didesnis dėmesys, todėl projekto rezultatai galėtų reikšmingai prisidėti vystant naujas ASS gydymo strategijas.
Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0045 “Fermentų įrankinė fukozilintų oligosacharidų sintezei“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biochemijos institute vykdomas projektas „Fermentų įrankinė fukozilintų oligosacharidų sintezei“, projekto Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0045. Projektas finansuojamas Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis pagal Priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“.
Projekto trukmė: 2020-10-01 – 2023-11-30
Mokslinio tyrimo vadovė – vyresnioji mokslo darbuotoja Jonita Stankevičiūtė.
Santrauka. Pasaulinė pieno mišinių pramonė susiduria su dideliais sunkumais, siekdama atkartoti motinos pieno formulę ir užtikrinti saugesnį maistą kūdikiams. Apie 50–80 proc. motinos pieno oligosacharidų yra fukozilinti. Galvijų piene, kuris dažniausiai sudaro pieno mišinių pagrindą, šios modifikacijos nėra, o pasiūlyti organinės sintezės fukozilinimo metodai – mažo efektyvumo ir specifiškumo. Sprendimų ieškoma kuriant fukozilintų oligosacharidų sintezės strategijas in vitro.
Šio MTEP projekto tikslas – fermentų įrankinės, skirtos didelės pridėtinės vertės fukozilintų oligosacharidų sintezei, kūrimas. Projekto tikslui pasiekti bus kuriamas didelio našumo regioselektyvių fukozidazių selekcijos metodas, vykdoma unikalių fukozidazių, tinkančių modifikuotų oligosacharidų sintezei, atranka bei konstruojamas biokonversijos sistemos modelis, skirtas didelės pridėtinės vertės fukozilintų oligosacharidų sintezei.
Rezultatas - šio projekto metu sukurtas efektyvus fukozilinimo metodas leis praplėsti prieinamų žmogaus pieno oligosacharidų ratą ir į juos panašių junginių įvairovę, atrinktų arba sukurtų regioselektyvių fermentinių įrankių rinkinys suteiks galimybę gaminti didesnius modifikuotų oligosacharidų kiekius.
Nr. 09.3.3-LMT-K-712-03-0087 „Dirbtinė šlaplė hipospadijų ir uretros striktūrų gydymui“
Projekto Nr. 09.3.3-LMT-K-712-03-0087
Projekto pavadinimas: „Dirbtinė šlaplė hipospadijų ir uretros striktūrų gydymui”
Projekto vykdymo laikotarpis: nuo 2020-08-03 iki 2023-11-30
Projekto mokslinio tyrimo vadovas: dr. Virginija Bukelskienė
Santrauka: projektas skirtas šlapinimosi sutrikimų gydymo kokybei pagerinti pasitelkiant personalizuotą dirbtinį audinį, kuris bus gaunamas derinant naujas žinias apie molekulines ląstelių sąveikas ir inovatyvias biospausdinimo technologijas.
Siekiamas rezultatas: sukurti ir modeliniame gyvūno organizme išbandyti funkcionalų dirbtinį šlaplės audinį, gautą naudojant 3D biospausdinimo metodiką, kuri leidžia sukonstruoti paciento kilmės kelių skirtingų ląstelių tipų audinį, atitinkantį natūralų. Konstrukto unikalumas – polimerinio tinklelio su priedais panaudojimas, novatoriškai užtikrinantis nepageidaujamo randėjimo proceso slopinimą ir apsaugantis pacientą nuo šlaplės striktūros atsinaujinimo.
Projektas finansuojamas iš Europos socialinio fondo lėšų pagal priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“
Projektas vykdomas kartu su partneriu – VšĮ Vilniaus universiteto ligoninės Santaros klinikomis.
Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0005 “Biosensorių platforma greitam, pigiam ir tiksliam amino rūgščių koncentracijų nustatymui, skirta pacientams, kuriems taikoma pakaitinė inkstų terapija“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „01.2.2-LMT-K-718-03-0005 “Biosensorių platforma greitam, pigiam ir tiksliam amino rūgščių koncentracijų nustatymui, skirta pacientams, kuriems taikoma pakaitinė inkstų terapija“. Projektas finansuojamas Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis pagal Priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“.
Projekto trukmė - nuo 2020 m. liepos 14 d. iki 2023 m. rugpjūčio 31 d.
Projekto vadovas - dr. Dalius Ratautas.
Santrauka: Projekto tikslas – sukurti elektrocheminę platformą greitam ir tiksliam amino rūgščių koncentracijų nustatymui mėginiuose iš pacientų, kuriems taikoma pakaitinė inkstų terapija. Vykdant pakaitinę inkstų terapiją, iš pacientų organizmų gali būti pašalinami dideli aminorūgščių kiekiai. Jų sumažėjimas sukelia bendrą azoto kiekio sumažėjimą organizme, todėl pacientai daugiau laiko praleidžia intensyvios terapijos skyriuje, ilgiau būna ligoninėje bei didėja susirgimo ir mirties tikimybės. Bendradarbiaujant su VU Santaros klinikų medikais, sieksime sukurti naują elektrocheminę biosensorių technologiją, leidžiančią pigiai ir paprastai nustatyti aminorūgščių koncentracijas, kuri galėtų būti plačiai taikoma klinikinėje praktikoje. Technologija leistų modifikuoti esamus gydymo būdus ir išvengti amino rūgščių netekimo. Taip pat sieksime parodyti aminorūgščių koncentracijos, kaip žymens biologiniuose skysčiuose, vertinimo svarbą inkstų pakaitinės terapijos pacientams. Sukurta technologija bus universali – galės būti pritaikoma ir daugeliui kitų mėginių, kur reikėtų atlikti amino rūgščių koncentracijų analizę.
Siekiamas rezultatas: Sukursime technologijos prototipą , skirtą matuoti amino rūgštis pacientų mėginiuose.
Nr. 01.2.2-LMT-K-718-04-0002 „Pavienių ląstelių transkriptomikos-genomikos tyrimų paralelinės-laboratorijos įsteigimas“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Pavienių ląstelių transkriptomikos-genomikos tyrimų paralelinės-laboratorijos įsteigimas“ Nr. 01.2.2-LMT-K-718-04-0002. Projektas finansuojamas Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis pagal Priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“.
Projekto trukmė – 2020-07-01 – 2023-08-31
Mokslinio tyrimo vadovas – GMC Biotechnologijos instituto vyriausiasis mokslo darbuotojas dr. Linas Mažutis.
Santrauka. projekto tikslas – išvystyti technologiją, įgalinančią atlikti pavienių ląstelių genų raiškos analizę su įvairaus tipo klinikiniais mėginiais ir įsteigti paralelinę transkriptomikos-genomikos analizės laboratoriją.
XXI a. neabejotinai yra laikomas žmogaus genomo amžiumi. Nuolat tobulėjančios technologijos ir jų sąlygojami atradimai atvėrė visiškai naujas galimybes šifruojant genomo koduojamas biologines funkcijas, tiriant ligų atsiradimo priežastis ar vystant naujus gydymo būdus. Tačiau, didelė dalis mokslinių ir klinikinių tyrimų rezultatų rodo, jog į gydymą, net ir esant tai pačiai ligos diagnozei, individai dažniausiai reaguoja skirtingai. Tokio nehomogeniško atsako priežastis, kai kuriais atvejais gali būti paaiškinta DNR mutacijomis, tačiau dar dažnesniu atveju to priežastis yra ląstelių biologinio atsako heterogeniškumas. Net ir turinčios tą patį genomą, žmogaus ląstelės yra užprogramuotos atlikti specializuotas funkcijas. Tokį funkcinį ląstelių pasiskirstymą lemia ne genomo pakitimai, bet būtent jų genų raiška. Kompleksinių ligų atveju, genų raiškos skirtumai nulemia visiškai skirtingą atsaką į sudėtingiausias terapijas su atitinkamais padariniais. Gebėjimas išanalizuoti individualių ląstelių genų raišką gali padėti parinkti efektyvesnį, personalizuotą gydymo būdą, atsižvelgiant į paciento genetinę ar audinį sudarančių ląstelių funkcinę būseną. Šio projekto idėja remiasi tuo, jog nepriklausomai nuo audinio tipo, klinikiniai mėginiai yra itin heterogeniški susidedantys iš daugybės įvairių ląstelių, kurios atlieka specializuotas funkcijas. Norint geriau suprasti kompleksines žmogaus ligas yra būtina atlikti klinikinių mėginių genų raiškos analizę, ne homogenizatuose, bet pavienių ląstelių lygyje.
Rezultatas: Šių veiklų rezultate bus įgytos kompetencijas leidžiančias sudaryti pasirinktų patologijų genų raiškos žemėlapius, kurie savo ruožtu leis geriau suprasti ligų sukeliamus biologinius pakitimus ir galimai pasiūlyti efektyvesnį gydymą.
Įgyvendinti projektai
Nr. 13.1.1-LMT-K-718-05-0021 „CRISPR molekulinių įrankių išplėtimas keliančių grėsmę SARS-CoV-2 variantų greitam aptikimui ir genominės įvairovės stebėjimui“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „CRISPR molekulinių įrankių išplėtimas keliančių grėsmę SARS-CoV-2 variantų greitam aptikimui ir genominės įvairovės stebėjimui“, projekto Nr. 13.1.1-LMT-K-718-05-0021 finansuojamas Europos regioninės plėtros fondo lėšomis kaip Europos Sąjungos atsako į COVID-19 pandemiją priemonė Nr. 13.1.1-LMT-K-718 „Tiksliniai moksliniai tyrimai sumanios specializacijos srityje“.
Projekto trukmė: nuo 2021-11-04 iki 2023-09-01.
Mokslinio tyrimo vadovas: vyresnysis mokslo darbuotojas Darius Kazlauskas.
Projekto tikslas: išplėsti CRISPR molekulinių įrankių įvairovę ir pritaikyti juos greitai SARS-CoV-2 variantų detekcijai bei plitimo stebėjimui. Šis rezultatas bus svarbus sumaniosios specializacijos srityje „Molekulinės technologijos medicinai ir biofarmacijai“, nes mūsų tyrimai gali padėti suvaldyti dabartinius ir būsimus virusų protrūkius ar pandemijas. Greitas ir prieinamas būdas nustatyti vieno nukleotido polimorfizmus taip pat yra svarbus tiksliajai medicinai, kai vaistai skiriami pagal unikalius žmogaus genomo variantus. C2EP grįsta detekcija gali būti naudojama ir kitose srityse, kur šiuo metu naudojami sekoskaitos metodai, pavyzdžiui, teismo ekspertizėje.
Siekiamas rezultatas: numatomi du pagrindiniai šio projekto rezultatai, kurie bus toliau naudojami jį baigus. Pirma, bus sukaupta vertingų žinių apie C2EP įvairovę ir tai, kaip jie atpažįsta nukleorūgštis. Remdamasi tuo, projekto komanda parengs straipsnį ir pateiks jį aukštą citavimo indeksą turinčio (Q1) žurnalo redakcijai.
Antra, bus sukurtas SARS-CoV-2 VOC detekcijos sistemos prototipas. Užbaigus projektą, projekto komanda planuoja pateikti patento paraišką naujam C2EP, kurį naudojant būtų galima nustatyti vieno nukleotido mutaciją.
Pasiekti rezultatai: sukurtas SARS-CoV-2 VOC detekcijos sistemos prototipas bei parengtas straipsnis (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.03.27.534365v2), kuris pateiktas Q1 žurnalo redakcijai
Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0082 “Selektyvi fermentinė provaistų aktyvavimo sistema“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biochemijos institute vykdomas projektas “Selektyvi fermentinė provaistų aktyvavimo sistema“, projekto Nr. 01.2.2-LMT-K-718-03-0082. Projektas finansuojamas Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis pagal Priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“.
Projekto trukmė: nuo 2020-07-14 – 2023-08-31
Mokslinio tyrimo vadovas: vyriausiasis mokslo darbuotojas (su išskirtinio profesoriaus kategorija) R. Meškys.
Santrauka: Projekto tikslas - projekto vykdymo metu planuojama sukurti metodo prototipą, skirtą efektyviai ir specifinei provaisto aktyvacijai. Metodo esminius elementus sudarys tikslingai parinkti unikalių fermentų variantai bei susintetinti tiksliniai substratų variantai. Kaip modeliniai substratai bus kuriami ir tiriami fluorinti nukleozidų dariniai, tinkami priešvėžinių terapijų kūrimui. Planuojama provaisto aktyvacijos sistemą patikrinti ląstelių kultūrų ir modelinių pelių lygyje.
Rezultatas: tikimasi, kad sukurta provaisto forma idealiu atveju nesiaktyvuos modelinio organizmo fermentais, tačiau bus specifiškai konvertuojama tikslingai sukonstruotais rekombinantinių fermentų variantais.
Nr. 01.2.2-LMT-K-718-02-0014 „Mikrobiotos-žarnyno-smegenų ryšio svarba Alzheimerio ligos vystymuisi: endokanabinoidinės sistemos įtaka“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biochemijos institute vykdomas projektas „Mikrobiotos-žarnyno-smegenų ryšio svarba Alzheimerio ligos vystymuisi: endokanabinoidinės sistemos įtaka“ (Nr. 01.2.2-LMT-K-718-02-0014), finansuojamas pagal 2014–2020 metų Europos Sąjungos fondų investicijų veiksmų programos 1 prioriteto „Mokslinių tyrimų, eksperimentinės plėtros ir inovacijų skatinimas“ 01.2.2-LMT-K-718 priemonės „Tiksliniai moksliniai tyrimai sumanios specializacijos srityje“ veiklą „Mokslininkų iš užsienio pritraukimas vykdyti mokslinius tyrimus“.
Projekto trukmė: 2019-01-14–2023-08-11
Mokslinio tyrimo vadovas: dr. Aurelijus Burokas
Projekto tikslas: ištirti žarnyno mikrobiotos pokyčius II tipo diabeto metu, kurie lemia uždegiminį procesą skatinantį Alzheimerio ligos vystymąsi.
Santrauka: sparčiai senėjant Europos gyventojams daugėja pacientų, sergančių Alzhaimerio liga (AL) ir atsiranda vis didesnis poreikis kuo ankstesniam ligos diagnozavimui, jos gydymui ir prevencijai. Taip pat auganti diabeto „epidemija“ ir vis pastebimesnis jo sąryšis su AL paskatino imtis tyrinėjimų siekiant išsiaiškinti, kaip šios ligos viena kitą veikia. Abiem atvejais pastebėti imuninės sistemos sutrikimai, kurie yra glaudžiai susiję su žarnyno mikrobiota. Vis daugėjant faktų apie mikrobiotos įtaką įvairiems organizmo fiziologiniams procesams jos tyrinėjimas buvo pasirinktas norint ne vien tik geriau suprasti AL eigos mechanizmą, bet ir panaudoti ją kaip biožymenį siekiant sukurti ankstyvos ligos diagnozavimo metodą, kuris suteiktų galimybę gydytojams daug anksčiau pradėti gydymą. Todėl šiam daugiadiscipliniam projektui buvo suburta komanda sudaryta iš neurobiologų, biochemikų ir mikrobiologų, kuri išsiaiškinusi diabeto sukelto AL vystymosi mechanizmą atvertų naujas galimybes tiek AL biomedicininėje diagnostikoje, tiek personalizuotoje medicinoje.
Projektas finansuojamas iš Europos regioninės plėtros fondo.
Nr. 01.2.2-LMT-K-718-01-008 "Naujos technologijos rekombinantinių alergenų kūrimui"
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Naujos technologijos rekombinantinių alergenų kūrimui“, projekto Nr. 01.2.2-LMT-K-718-01-008. Projektas finansuojamas Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis pagal Priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“.
Projekto trukmė - nuo 2018-01-08 iki 2022-01-07
Projekto vadovas – dr. Gintautas Žvirblis.
Santrauka. Projekto tikslas: šiuo projektu siekiama sukurti inovatyvius produktus, skirtus efektyvesnei alerginių ligų diagnostikai ir imunoterapijai. Projekto tikslas – sukurti naują universalią baltyminių rekombinantinių alergenų (RA) raiškos ir gryninimo platformą ir paruošti alergenų banką, sudarytą iš RA ir jų producentų.
Alerginės ligos yra plačiai paplitusios išsivysčiusiose šalyse – jomis serga daugiau nei 25 proc. Europos gyventojų. Alergiškų asmenų skaičius nuolat auga, todėl svarbu kurti naujus įrankius, skirtus efektyvesnei alergijų diagnostikai ir imunoterapijai. Dažniausiai diagnostikos ir gydymo tikslais naudojami natūralių alergenų ekstraktai. Tačiau juos sunku standartizuoti dėl jų kompleksiškumo: ekstraktus paprastai sudaro keli alergenai, kai kurie jų gali degraduoti, be to, randami kiti nealergeniški komponentai. Todėl ekstraktai kaip diagnostiniai reagentai leidžia identifikuoti tik alergijos šaltinį, o ne atskirų molekulių alergizuoantį poveikį.
Rezultatas: Tam, kad alergijos diagnozė būtų tiksliai nustatyta molekuliniais metodais, reikalingi gerai chakterizuoti, atsikartojančios kokybės alergenai. Išeitis – RA panaudojimas, kurie turi dideles perspektyvas tiksliai alergijos diagnostikai.
Nr. 01.2.2-LMT-K-718-01-0019 „Biokatalizinės sistemos nekrakmolinių poli- ir oligosacharidų konversijai“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Biokatalizinės sistemos nekrakmolinių poli- ir oligosacharidų konversijai“, projekto Nr. 01.2.2-LMT-K-718-01-0019. Projektas finansuojamas Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis pagal Priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“.
Projekto trukmė - 2018-01-08 - 2022-01-07
Projekto mokslinio tyrimo vadovas – dr. Marius Dagys.
Projekto tikslas – sukurti didelio našumo biokatalizines sistemas pramoninei nekrakmolinių poli- ir oligosacharidų redukuojančių galų oksidacijai, kuriant didelės pridėtinės vertės produktus – aldono rūgštis. Oligosacharidų aldono rūgštys naudojamos odos priežiūrai ir gydymui, polisacharidų aldono rūgštys yra paklausūs probiotikai, geležį kompleksuojantys maisto papildai ar biologiškai suderinamos medžiagos paviršių dengimui.
Rezultatai: naujų fermentų, efektyvių ir iki šiol nepademonstruotų metodų dehidrogenazių kofaktorių regeneravimui sukūrimas ir efektyvaus, iki šiol nepademonstruoto biorektoriaus vystymas, kuris katalizuotų angliavandenių oksidaciją iki aldono rūgščių su didele išeiga ir pramoniniu efektyvumu.
Nr. 01.2.2-LMT-K-718-01-0028 „Programinė REST paslaugų sistema realiu laiku tolimai giminingiems baltymams ieškoti ir modeliuoti“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Programinė REST paslaugų sistema realiu laiku tolimai giminingiems baltymams ieškoti ir modeliuoti“, projekto Nr. 01.2.2-LMT-K-718-01-0028. Projektas finansuojamas Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis pagal Priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“.
Projekto trukmė: 2018-01-08 – 2022-01-07.
Projekto vadovas: dr. Mindaugas Margelevičius.
Santrauka. Projekto tikslas: didinti baltymų evoliucinio giminingumo nustatymo jautrumą ir tikslumą, sukurti patogias ir greitai veikiančias priemones, leidžiančias tyrėjams realiu laiku atlikti baltymų homologijų paieškas, evoliucijos tyrimus ir numatyti jų erdvines struktūras.
Baltymo struktūros numatymas pagal jo seką yra vienas svarbiausių uždavinių bioinformatikoje, kurio sėkmingas sprendimas apimtų beveik visas biomedicinos sritis. Šiuo metu patikimiausias būdas numatyti struktūrą – modeliavimas pagal homologiją, išvestą remiantis sekų šeimomis. Projekto tikslas – stiprinti baltymų homologijų nustatymo jautrumą, sukurti patogias ir greitai veikiančias priemones, leidžiančias tyrėjams realiu laiku atlikti baltymų homologijų paieškas, evoliucijos tyrimus ir modeliavimą. Siekiant šio tikslo planuojama sukurti bendrą sekų šeimų sugretinimų įverčių statistinio reikšmingumo vertinimo metodologiją, leisiančią žymiai padidinti COMER metodo (Margelevičius, Bioinformatics 32, 2016) jautrumą ir sekų šeimų sugretinimų tikslumą. COMER metodo našumui didinti planuojama sukurti savarankišką COMER programinės įrangos versiją, skaičiavimus vykdančią remiantis CUDA lygiagrečių skaičiavimų architektūra. Metodo naudojimosi galimybėms plėsti planuojama sukurti interneto paslaugų sistemą, skirtą realiu laiku vykdyti COMER homologijų paieškoms, rezultatų analizei ir baltymų modeliavimams pagal gautus sekų šeimų sugretinimus.
Rezultatai: tikimasi, kad žymiai pagerinta visais atžvilgiais COMER metodo realizacija taps svarbia priemone tiek didelio masto duomenų analizei, tiek atskirų baltymų evoliucinei ir struktūrinei analizei realaus laiko aplinkoje. Tai prisidės prie gilesnio biologinių procesų supratimo.
Nr. 01.2.2-LMT-K-718-01-0072 „Pacientui savitos plaučių vėžio heterogeninių ląstelių ex vivo modelinės sistemos sukūrimas priešvėžinių vaistų parinkimui personalizuotam gydymui“
Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biochemijos institute vykdomas projektas „Pacientui savitos plaučių vėžio heterogeninių ląstelių ex vivo modelinės sistemos sukūrimas priešvėžinių vaistų parinkimui personalizuotam gydymui“, projekto Nr. 01.2.2-LMT-K-718-01-0072. Projektas finansuojamas Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis pagal Priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“.
Projekto mokslinio tyrimo vadovė – dr. Audronė Kalvelytė.
Projekto trukmė - nuo 2018-01-08 iki 2022-01-07
Santrauka. Projekto tikslas – sukurti modelinę sistemą, sudarytą iš paciento ląstelių, kuri būtų skirta vaistų konkrečiam pacientui atrankai laboratorijoje, remiantis plaučių vėžio ląstelių atsaku į vaistus ir tyrimais jų veikimo mechanizmų skirtingose ląstelėse. Modelis remiasi vėžinį audinį sudarančių ląstelių ex vivo funkcine patikra bei galimų veiksmingų terapinių poveikių nustatymu individualioms ląstelėms.
Rezultatai: atlikus įvairių vėžinių ląstelių jautrumo chemo- ir taikininei terapijai patikrą in vitro bei nustačius veiksmingus priešvėžinius terapinius poveikius, pacientui galėtų būti skiriamas individualus gydymas. Naviko ląstelių ex vivo modeliai ateityje gali tapti įrankiu gydytojams parinkti vėžio gydymą.