Institute veikia šie akademiniai padaliniai:
- Amiloidų tyrimo sektorius
- Baltymų-nukleorūgščių sąveikos tyrimų skyrius
- Bioinformatikos skyrius
- Biotermodinamikos ir vaistų tyrimų skyrius
- DNR modifikacijos tyrimų skyrius
- Epigenominių tyrimų laboratorija
- Eukariotų genų inžinerijos skyrius
- Imunologijos skyrius
- Kristalografijos ir cheminės informatikos sektorius
- Pavienių ląstelių analizės skyrius
- Taikomosios biokatalizės sektorius