Eukariotų genų inžinerijos skyrius

Publikacijos

2023

1. Sližienė A, Plečkaitytė M, Rudokas V, Juškaitė K, Žvirblis G, Žvirblienė A. (2023). Cross-reactive monoclonal antibodies against fish parvalbumins as a tool for studying antigenic similarity of different parvalbumins and analysis of fish extracts. Molecular Immunology. doi: 10.1016/j.molimm.2023.01.001.

2022

1. Jiang Z, El-Brolosy MA, Serobyan V, Welker JM, Retzer N, Dooley CM, Jakutis G, Juan T, Fukuda N, Maischein HM, Balciunas D, Stainier DYR. (2022). Parental mutations influence wild-type offspring via transcriptional adaptation. Science Advances. doi: 10.1126/sciadv.abj2029.
2. Kalvaityte M, Balčiūnas D. (2022). Conditional mutagenesis strategies in zebrafish. Trends in Genetics. https://doi.org/10.1016/j.tig.2022.04.007.
3. Zinkevičiūtė R, Ražanskas R, Kaupinis A, Macijauskaitė N, Čiplys E, Houen G, Slibinskas R. (2022). Yeast Secretes High Amounts of Human Calreticulin without Cellular Stress. Curr Issues Mol Biol. 2022 Apr 19;44(5):1768-1787. doi: 10.3390/cimb44050122.
4. Drobysh M, Liustrovaite V, Baradoke A, Rucinskiene A, Ramanaviciene A, Ratautaite V, Viter R, Chen CF, Plikusiene I, Samukaite-Bubniene U, Slibinskas R, Ciplys E, Simanavicius M, Zvirbliene A, Kucinskaite-Kodze I, Ramanavicius A. (2022) Electrochemical Determination of Interaction between SARS-CoV-2 Spike Protein and Specific Antibodies. Int J Mol Sci. doi: 10.3390/ijms23126768.
5. Mughal FP, Bergmann AC, Huynh HUB, Jørgensen SH, Mansha I, Kesmez M, Schürch PM, Theocharides APA, Hansen PR, Friis T, Holmström MO, Ciplys E, Slibinskas R, Højrup P, Houen G, Trier NH. (2022). Characterization of Peptide Antibodies to the C-Terminal of Frameshifted Calreticulin Associated with Myeloproliferative Diseases. doi: 10.3390/ijms23126803.
6. Kyllesbech C, Trier N, Slibinskas R, Čiplys E, Tsakiri A, Frederiksen JL, Houen G. (2022). Virus-specific antibody indices may supplement the total IgG index in diagnostics of multiple sclerosis. J Neuroimmunol. doi: 10.1016/j.jneuroim.2022.577868.
7. Ratautaite V, Boguzaite R, Brazys E, Ramanaviciene A, Čiplys E, Juozapaitis M, Slibinskas R, Bechelany M, Ramanavicius A. (2022). Molecularly imprinted polypyrrole based sensor for the detection of SARS-CoV-2 spike glycoprotein. Electrochim Acta. doi: 10.1016/j.electacta.2021.139581.
8. Trier NH, Valdarnini N, Fanelli I, Rovero P, Hansen PR, Schafer-Nielsen C, Čiplys E, Slibinskas R, Pociot F, Friis T, Houen G. (2022). Peptide Antibody Reactivity to Homologous Regions in Glutamate Decarboxylase Isoforms and Coxsackievirus B4 P2C. Int J Mol Sci. doi: 10.3390/ijms23084424.
9. Paškevičius Š, Dapkutė V, Misiūnas A, Balzaris M, Thommes P, Sattar A, Gleba Y, Ražanskienė A. (2022). Chimeric bacteriocin S5-PmnH engineered by domain swapping efficiently controls Pseudomonas aeruginosa infection in murine keratitis and lung models. Sci Rep. doi: 10.1038/s41598-022-09865-8.
10. Paškevičius Š, Gleba Y, Ražanskienė A. (2022). Stenocins: Novel modular bacteriocins from opportunistic pathogen Stenotrophomonas maltophilia. J Biotechnol. doi: 10.1016/j.jbiotec.2022.04.006.
11. Lučiūnaitė A, Dalgėdienė I, Žilionis R, Mašalaitė K, Norkienė M, Šinkūnas A, Gedvilaitė A, Kučinskaitė-Kodzė I, Žvirblienė A. (2022). Activation of NLRP3 Inflammasome by Virus-Like Particles of Human Polyomaviruses in Macrophages. Frontiers in Immunology. doi: 10.3389/fimmu.2022.831815.

2021

1. Jandrig B, Krause H, Zimmermann W, Vasiliunaite E, Gedvilaite A, Ulrich RG. (2021). Hamster Polyomavirus Research: Past, Present, and Future. Viruses 13(5):907. doi: 10.3390/v13050907.
2. Eiden M, Gedvilaite A, Leidel F, Ulrich RG, Groschup MH. (2021). Vaccination with Prion Peptide-Displaying Polyomavirus-Like Particles Prolongs Incubation Time in Scrapie-Infected Mice. Viruses 13(5):811. doi: 10.3390/v13050811.
3. Bulavaitė A, Maier T, Pleckaityte M. (2021) Discrimination of Gardnerella Species by Combining MALDI-TOF Protein Profile, Chaperonin cpn60 Sequences, and Phenotypic Characteristics. Pathogens. 2021 Mar 1;10(3):277. doi: 10.3390/pathogens10030277. PMID: 33804525; PMCID: PMC7998583.
4. Houen G, Højrup P, Ciplys E, Gaboriaud C, Slibinskas R. (2021). Structural Analysis of Calreticulin, an Endoplasmic Reticulum-Resident Molecular Chaperone. Prog Mol Subcell Biol. 2021;59:13-25. doi: 10.1007/978-3-030-67696-4_2.
5. Plikusiene I, Maciulis V, Ramanaviciene A, Balevicius Z, Buzavaite-Verteliene E, Ciplys E, Slibinskas R, Simanavicius M, Zvirbliene A, Ramanavicius A.J. (2021). Evaluation of kinetics and thermodynamics of interaction between immobilized SARS-CoV-2 nucleoprotein and specific antibodies by total internal reflection ellipsometry. Colloid Interface Sci. 2021 Jul 15;594:195-203. doi: 10.1016/j.jcis.2021.02.100. Epub 2021 Mar 10.
6. Čiplys E, Paškevičius T, Žitkus E, Bielskis J, Ražanskas R, Šneideris T, Smirnovas V, Kaupinis A, Tester DJ, Ackerman MJ, Højrup P, Michalak M, Houen G, Slibinskas R. (2021).  Mapping human calreticulin regions important for structural stability. Biochim Biophys Acta Proteins Proteom. 1869(11):140710. doi: 10.1016/j.bbapap.2021.140710.
7. McNabb L, Andiani A, Bulavaite A, Zvirbliene A, Sasnauskas K, Lunt R. (2021). Development and validation of an IgM antibody capture ELISA for early detection of Hendra virus. J Virol Methods. 21;298:114296. doi:10.1016/j.jviromet.2021.114296.
8. Dudas G, Hong SL, Potter BI, Calvignac-Spencer S, Niatou-Singa FS, Tombolomako TB, Fuh-Neba T, Vickos U, Ulrich M, Leendertz FH, Khan K, Huber C, Watts A, Olendraitė I, Snijder J, Wijnant KN, Bonvin AMJJ, Martres P, Behillil S, Ayouba A, Maidadi MF, Djomsi DM, Godwe C, Butel C, Šimaitis A, Gabrielaitė M, Katėnaitė M, Norvilas R, Raugaitė L, Koyaweda GW, Kandou JK, Jonikas R, Nasvytienė I, Žemeckienė Ž, Gečys D, Tamušauskaitė K, Norkienė M, Vasiliūnaitė E, Žiogienė D, Timinskas A, Šukys M, Šarauskas M, Alzbutas G, Aziza AA, Lusamaki EK, Cigolo JM, Mawete FM, Lofiko EL, Kingebeni PM, Tamfum JM, Belizaire MRD, Essomba RG, Assoumou MCO, Mboringong AB, Dieng AB, Juozapaitė D, Hosch S, Obama J, Ayekaba MO, Naumovas D, Pautienius A, Rafaï CD, Vitkauskienė A, Ugenskienė R, Gedvilaitė A, Čereškevičius D, Lesauskaitė V, Žemaitis L, Griškevičius L, Baele G. (2021). Emergence and spread of SARS-CoV-2 lineage B.1.620 with variant of concern-like mutations and deletions. Nat Commun. 2021 Oct 1;12(1):5769. doi: 10.1038/s41467-021-26055-8.
9. Bergmann AC, Kyllesbech C, Slibinskas R, Ciplys E, Højrup P, Trier NH, Houen G. (2021). Epitope Mapping of Monoclonal Antibodies to Calreticulin Reveals That Charged Amino Acids Are Essential for Antibody Binding. Antibodies (Basel). 2021 Aug 4;10(3):31. doi: 10.3390/antib10030031.
10. Lazutka J, Simutis K, Matulis P, Petraitytė-Burneikienė R, Kučinskaitė-Kodzė I, Simanavičius M, Tamošiunas PL. (2021) Antigenicity study of the yeast-generated human parvovirus 4 (PARV4) virus-like particles. Virus Res. 2021 Jan 15;292:198236. doi: 10.1016/j.virusres.2020.198236.
11. Kaliniene L, Noreika A, Kaupinis A, Valius M, Jurgelaitis E, Lazutka J, Meškienė R, Meškys R. (2021). Analysis of a Novel Bacteriophage vB_AchrS_AchV4 Highlights the Diversity of Achromobacter Viruses. Viruses. 2021 Feb 27;13(3):374. doi: 10.3390/v13030374.
12. Kubickova B, Schenk JA, Ramm F, Markuškienė K, Reetz J, Dremsek P, Tamosiunas PL, Cepulyte L, Trinh HA, Scholz J, Memczak H, Hovestädt M, Ryll R, Petraityte-Burneikiene R, Corman VM, Andersson A, Becher D, Groschup MH, Kubick S, Sellrie F, Johne R, Ulrich RG. (2021). A broadly cross-reactive monoclonal antibody against hepatitis E virus capsid antigen. Appl Microbiol Biotechnol. 2021 Jun;105(12):4957-4973. doi: 10.1007/s00253-021-11342-7.
13. Vilys L, Peciuliene I, Jakubauskiene E, Zinkeviciute R, Makino Y, Kanopka A. (2021). U2AF - Hypoxia-induced fas alternative splicing regulator. Exp Cell Res. 2021 Feb 1;399(1):112444. doi: 10.1016/j.yexcr.2020.112444.

2020

1. Starkevič, P., Ražanskienė, A., Starkevič, U., Kazanavičiūtė, V., Denkovskienė, E., Bendokas, V., Šikšnianas, T., Rugienius, R., Stanys, V., and Ražanskas, R. (2020). Isolation and Analysis of Anthocyanin Pathway Genes from Ribes Genus Reveals MYB Gene with Potent Anthocyanin-Inducing Capabilities. Plants 9, 1078. 10.3390/plants9091078
2. Noreika, A., Meškys, R., Lazutka, J., and Kaliniene, L. (2020). Complete genome sequence of Buttiauxella phage vB_ButM_GuL6. Arch Virol 165, 2685–2687. 10.1007/s00705-020-04780-7
3. Lazutka, J., Simutis, K., Matulis, P., Petraitytė-Burneikienė, R., Kučinskaitė-Kodzė, I., Simanavičius, M., and Tamošiunas, P.L. (2020). Antigenicity study of the yeast-generated human parvovirus 4 (PARV4) virus-like particles. Virus Research 198236. 10.1016/j.virusres.2020.198236
4. Špakova, A., Dalgėdienė, I., Insodaitė, R., Sasnauskienė, A., Žvirblienė, A., and Petraitytė-Burneikienė, R. (2020). vB_EcoS_NBD2 bacteriophage-originated polytubes as a carrier for the presentation of foreign sequences. Virus Research 290, 198194. 10.1016/j.virusres.2020.198194
5. Plikusiene, I., Balevicius, Z., Ramanaviciene, A., Talbot, J., Mickiene, G., Balevicius, S., Stirke, A., Tereshchenko, A., Tamosaitis, L., Zvirblis, G., et al. (2020). Evaluation of affinity sensor response kinetics towards dimeric ligands linked with spacers of different rigidity: Immobilized recombinant granulocyte colony-stimulating factor based synthetic receptor binding with genetically engineered dimeric analyte derivatives. Biosensors and Bioelectronics 156, 112112. 1016/j.bios.2020.112112
6. Denkovskienė, E*., Paškevičius, Š*., Stankevičiūtė, J., Gleba, Y., and Ražanskienė, A. (2020). Control of T-DNA Transfer from Agrobacterium tumefaciens to Plants Based on an Inducible Bacterial Toxin-Antitoxin System. MPMI MPMI-03-20-0067. 10.1094/MPMI-03-20-0067-R
7. Vilmane, A., Terentjeva, A., Tamosiunas, P.L., Suna, N., Suna, I., Petraityte-Burneikiene, R., Murovska, M., Rasa-Dzelzkaleja, S., and Nora-Krukle, Z. (2020). Human Parvoviruses May Affect the Development and Clinical Course of Meningitis and Meningoencephalitis. Brain Sciences 10, 339. 10.3390/brainsci10060339
8. Houen, G., Heiden, J., Trier, N.H., Draborg, A.H., Benros, M.E., Zinkevičiūtė, R., Petraitytė-Burneikienė, R., Ciplys, E., Slibinskas, R., and Frederiksen, J.L. (2020). Antibodies to Epstein-Barr virus and neurotropic viruses in multiple sclerosis and optic neuritis. Journal of Neuroimmunology 346, 577314. 10.1016/j.jneuroim.2020.577314
9. Drewes, S., Jeske, K., Straková, P., Balčiauskas, L., Ryll, R., Balčiauskienė, L., Kohlhause, D., Schnidrig, G.-A., Hiltbrunner, M., Špakova, A., Insodaitė R, Petraitytė-Burneikienė R, et al. (2020). Identification of a novel hantavirus strain in the root vole (Microtus oeconomus) in Lithuania, Eastern Europe. Infection, Genetics and Evolution 104520. 10.1016/j.meegid.2020.104520
10. Bulavaitė, A., Dalgediene, I., Michailoviene, V., and Pleckaityte, M. (2020). Type II Restriction-Modification System from Gardnerella vaginalis ATCC 14018. Pathogens 9, 703. 10.3390/pathogens9090703
11. Mickiene G, Dalgėdienė I, Zvirblis G., Dapkunas, Z., Plikusiene, I., Buzavaite-Verteliene, E., Balevičius, Z., Rukšėnaitė, A., and Pleckaityte, M. (2020). Human granulocyte-colony stimulating factor (G-CSF)/stem cell factor (SCF) fusion proteins: design, characterization and activity. PeerJ 8, e9788.

Projektai ir partneriai

Vykdomi projektai:

1. LMT mokslininkų grupių projektas „Sekreciją padidinančių lactis mutacijų tyrimai bei jų panaudojimas rekombinantinius baltymus supersekretuojančių mielių kamienų kūrimui“, 2017–2021 m. Vadovė A. Gedvilaitė,
2. LMT projektas pagal 01.2.2-LMT-K-718 priemonės veiklą ,,Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai”, (Sumanioji specializacija) Nr. 01.2.2-LMT-K-718-01-0008 ,,Naujos technologijos rekombinantinių alergenų kūrimui”, 2018-2021 m. vadovas: Gintautas Žvirblis,
3. LMT, „Tiksliniai moksliniai tyrimai sumanios specializacijos srityje“, „Naujų metodų paieška neurodegeneracinių ligų gydymui“, 01.2.2-LMT-K-718-03-0021, 2020-2023 m. Evaldas Čiplys,
4. Priemonė „Inočekiai“ MITA, mokslinio tyrimo sutartis su UAB Imunodiagnostika, „Rekombinnatinių alergenų producentų kūrimas“,2021 m. Rasa Petraitytė-Burneikienė,
5. LMT Valstybės Profesorių Konkursas, „Genetiniai ir molekuliniai Tbx5a vaidmens širdies regeneracijoje tyrimai“, 2020-2023 m., Darius Balčiūnas.

 Sutartys su ūkio subjektais:

• „Abcam Ltd“, Didžioji Britanija,
• „Arc Dia International Oy Ltd“, Suomija,
• UAB „Profarma“, Lietuva,
• UAB „Baltymas“, Lietuva,
• UAB „Imunodiagnostika".

Bendradarbiavimas:

• Friedrich-Loeffler-Institut Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit, Federal Research Institute for Animal Health OIE Collaborating Centre for Zoonoses in Europe (Germany)
• Department of Virology, University of Freiburg (Germany)
• Max Planck Institute for Molecular Plant Physiology (Germany)
• Institute of Virology, Slovak Academy of Sciences (Slovakia)
• Kirchenstein Institute of Microbiology and Virology, Riga Stradins University (Latvia)
• Department of Medical Research, Mackay Memorial Hospital, (Taiwan).

Pasiekimai

• Surasti ir identifikuoti šeši nauji pelėnų, geltonkaklės pelės, žiurkės ir kirstukų poliomos virusai.
• Didelė virš 40 skirtingų poliomos virusų VP1 baltymų VPD kolekcija (13 žmonių polyomos virusų, graužikų ir paukščių ir kitų gyvūnų), papilomos virusų L1 baltymų VPD kolekcija (HPV6, 16, 18, 31, 33), kiaulių 2 tipo cirko virusų kapsidės baltymų VPD.
• Mielėse susintetinti tymų, kiaulytės, raudonukės, paragripo 1-4, 13 skirtingų hantavirusų nukleokapsidės, kiaulių parvoviruso, žmogaus bokavirusų 1-4, žmogaus parvoviruso 4, metapneumoviruso, hepatito E, galvijų Schmalenberg viruso baltymai.
• Sukurti serologiniai diagnostikos testai, nustatyti specifiniams hantavirusų, įvairių parvovirusų ir paramyxovirusų antikūnams žmogaus serume ir seilėse.
• Skyriuje sukurti tymų ir kiaulytės virusų baltymai įeina į komerciškai Microimmune (Didžioji Britanija) firmos platinamus virusų diagnostikos rinkinius.
• Mielėse susintetinti žmogaus šaperonai (kalretikulinas, BiP).
• Mielių raiškos sistemos žiurkėno poliomos viruso chimerinių ir mozaikinių VPD konstravimui ir sintezei.
• Genetiškai pakeistų mielių kamienų kolekcija rekombinantinių baltymų sintezei.
• 2003 Lietuvos mokslo premija (2003).
• Patentas: Žvirblienė A., Gedvilaitė A., Ulrich, R., Sasnauskas. Process for the production of monoclonal antibodies using chimeric VLPs. US Patent No.:US7,919,314 B2. Apr. 5, 2011.
• Patentinė paraiška: Čiplys E., Slibinskas R., Sasnauskas K., Michalak M., Gold L-I. Generation of native recombinant secreted human endoplasmic reticulum chaperones by using their native signal sequences in yeast expression systems. WO 2014/011723 A1.

Darbuotojai

 ​

Darbuotojas	Pareigos	Kontaktai	Skaitomi kursai	Mokslinės publikacijos ir konferencijos
Dr. Rasa Petraitytė-Burneikienė	Skyriaus vedėja , Vyresnioji mokslo darbuotoja	Tel.  +370 5 2234421, El.p.  Saulėtekio al. 7, C461
Edita Bakūnaitė	Jaunesnioji mokslo darbuotoja	Tel.  +370 5 2239429  El.p.  Saulėtekio al. 7, C449
Dr. Darius Balčiūnas	Vyriausiasis mokslo darbuotojas	El.p.  Saulėtekio al. 7
Dr. Aistė Bulavaitė	Mokslo darbuotoja	Tel.  +370 5 2239431 El.p.  Saulėtekio al. 7, C453
Dr. Evaldas Čiplys	Vyresnysis mokslo darbuotoja	Tel.  +370 5 2239432 El.p.  Saulėtekio al. 7, C455
Dr. Alma Gedvilaitė	Vyriausioji mokslo darbuotoja	Tel.  +370 5 2234359 El.p.  Saulėtekio al. 7, C467
Dr. Justas Lazutka	Mokslo darbuotojas	Tel.  +370 5 2239435 El.p.  Saulėtekio al. 7, C449
Dr. Milda Norkienė	Mokslo darbuotoja	Tel.  +370 5 2239434 El.p.  Saulėtekio al. 7, C463
Juta Rainytė	Jaunesnioji mokslo darbuotoja	Tel.  El.p.  Saulėtekio al. 7
Dr. Raimundas Ražanskas	Mokslo darbuotojas	Tel.  +370 5 2239439  El.p.  Saulėtekio al. 7, V419
Eglutė Rudokienė	Vyresnioji chemikė tyrėja	Tel.  +370 5 2234370 El.p.  Saulėtekio al. 7, V417
Dr. Rimantas Slibinskas	Vyriausiasis mokslo darbuotojas	Tel.  +370 5 2239432 El.p.   Saulėtekio al. 7, C455
Dr. Paulius Lukas Tamošiūnas	Mokslo darbuotojas	Tel.  +370 5 2234359 El.p.  Saulėtekio al. 7, V421
Dr. Mindaugas Zaveckas	Mokslo darbuotojas	Tel.  +370 5 2239431 El.p.  Saulėtekio al. 7, C453
Dr. Danguolė Žiogienė	Mokslo darbuotoja	Tel.  +370 5 2239434 El.p.  Saulėtekio al. 7, C463
Eimantas Žitkus	Jaunesnysis mokslo darbuotojas	Tel.  +370 5 2239432 El.p.  Saulėtekio al. 7, C455
Podoktorantūros stažuotojas:
Dr.Jaroslav Denkovskij		El.p.  Saulėtekio al. 7, C453
Doktorantai:
Laima Čepulytė		El.p.
Miglė Kalvaitytė		El p.
Laimis Silimavičius		El.p.
Emilija Vasiliūnaitė		El.p.
Arūnė Verbickaitė		El.p.
Laborantai:
Danutė Jaskytė		El.p.
Olga Jančevskaja		El.p.
Evaldas Lekavičius		El.p.
Emeritas:
Prof. habil. Dr. Kęstutis Sasnauskas		El.p.