DNR modifikacijos tyrimų skyrius

Publikacijos

2017 m. 

Staševskij Z., Gibas P., Gordevičius J., Kriukienė E., Klimašauskas S. Tethered Oligonucleotide-Primed sequencing, TOP-seq: a high resolution economical approach for DNA epigenome profiling. Molecular Cell 2017, 65(3): 554–564.

Osipenko A., Plotnikova A., Nainytė M., Masevičius V., Klimašauskas S., Vilkaitis G. Oligonucleotide-Addressed Covalent 3’-Terminal Derivatization of Small RNA Strands for Enrichment and Visualization. Angewandte Chemie Int. Ed. 2017, 56(23): 6507–6510.

Daniūnaitė K., Dubikaitytė M., Gibas P., Bakavičius A., Lazutka J.R., Ulys A., Jankevičius F., Jarmalaitė S. Human Molecular Genetics 2017, 26(13): 2451–2461.

Tomkuvienė M., Ličytė J., Olendraitė I., Liutkevičiūtė Z., Clouet-d’Orval B., Klimašauskas S. Archaeal fibrillarin-NOP5 heterodimer 2’-O-methylates RNA independently of the C/D guide RNP particle. RNA. 2017, 23:1329–1337.

Stankevičius V., Vasauskas G., Rynkevičienė R., Venius J., Pašukonienė V., Aleknavičius A., Sužiedėlis K. Microenvironment and Dose-Delivery-Dependent Response after Exposure to Ionizing Radiation in Human Colorectal Cancer Cell Lines. Radiation. Research 2017, 188(3): 291–302.

Stankevičius V., Kunigėnas L., Stankūnas E., Kuodytė K., Strainienė E., Cicėnas J., Samalavičius N.E., Sužiedėlis K. The expression of cancer stem cell markers in human colorectal carcinoma cells in a microenvironment dependent manner. Biochem Biophys Res Commun. 2017, 484(4): 726–733.

2016 m.

Labrie V., Buske O.J., Oh E., Jeremian R., Ptak C., Gasiunas G., Maleckas A., Petereit R., Zvirbliene A., Adamonis K., Kriukienė E., Koncevičius K., Gordevičius J., Nair A., Zhang A., Ebrahimi A., Oh G., Siksnys V., Kupcinskas L., Brudno M., Petronis A. Lactase nonpersistence is directed by DNA-variation-dependent epigenetic aging. Nature Structural & Molecular Biology. 2016, 23: 566–573. doi:10.1038/nsmb.3227.

Esyunina D., Turtola M., Pupov D., Bass I., Klimašauskas S., Belogurov G., Kulbachinskiy A. Lineage-specific variations in the trigger loop modulate RNA proofreading by bacterial RNA polymerases. Nucleic Acids Research 2016, 44(3): 1298–1308.

Butkyte S., Ciupas L., Jakubauskiene E., Vilys L., Mocevicius P., Kanopka A., Vilkaitis G. Splicing-dependent expression of microRNAs of mirtron origin in human digestive and excretory system cancer cells. Clinical Epigenetics. 2016, 8(33): DOI 10.1186/s13148-016-0200-y.

Myrianthopoulos V., Cartron P.F., Liutkeviciute Z., Klimašauskas S., Matulis D., Bronner C., Martinet N., Mikros E. Tandem virtual screening targeting the SRA domain of UHRF1 identifies a novel chemical tool modulating DNA methylation. Eur J Med Chem. 2016, 114: 390–396.

Stankevicius V., Vasauskas G., Bulotiene D., Butkyte S., Jarmalaite S., Rotomskis R., Suziedelis K. Gene and miRNA expression signature of Lewis lung carcinoma LLC1 cells in extracellular matrix enriched microenvironment. BMC Cancer. 2016, 16(1): DOI: 10.1186/s12885-016-2825-9.

Tomkuviene M., Kriukiene E., Klimašauskas S. DNA Labeling Using DNA Methyltransferases. Advances in Experimental Medicine and Biology. 2016, 945: 511–535.

Masevičius V., Nainytė M., Klimašauskas S. Synthesis of S-adenosyl-L-methionine analogs with extended transferable groups for methyltransferase-directed labeling of DNA and RNA. Curr Protoc Nucleic Acid Chem. 2016, 64: 1.36.1-1.36.13.

Projektai ir bendradarbiavimas

ERC advanced grant

„Single-cell temporal tracking of epigenetic DNA marks“, 2017–2021 m.

Mokslininkų kvalifikacijos tobulinimas vykdant aukšto lygio MTEP projektus

„Vienos molekulės TOP-seq - inovatyvi technologinė platforma ankstyvai neinvazinei vėžio ir kitų epigenetinių susirgimų diagnostikai“, 2018–2022 m.

LMT mokslininkų iniciatyva parengti projektai

„Mažųjų nekoduojančių RNR, reguliuojančių Gram-teigiamų pienarūgščių bakterijų atsaką į antimikrobinių veiksnių poveikį, nustatymas ir analizė", 2015–2018 m.

„Vienos ląstelės technologija genominio DNR modifikavimo tyrimui ir neuroblastomos epigenetinio heterogeniškumo analizė“, 2017–2020 m.

„Šviesai jautrios selektyvios grupės biosintetinių baltymų manipuliavimui“, 2017–2020 m.

Nacionalinės mokslo programos „Sveikas senėjimas“ projektai

„Nauji žymenys storosios žarnos vėžio individualizuotai terapijai: proteomika, mikroRNRomika, klinika“, 2015–2018 m.

„Amžinis aortos remodeliavimasis ir kylančiosios aortos dilatacinė patologija: epigenetinių biožymenų paieška“, 2016–2018 m.

Darbuotojai

 

 

Skyriaus vadovas prof. Saulius Klimašauskas
Tel. nr. 852234350
El. p.

 

Stasė Gasiulė jaunesnioji mokslo darbuotoja 9418	Dr. Juozas Gordevičius mokslo darbuotojas 852109730	Dr. Edita Kriukienė vyresnioji mokslo darbuotoja 852234351
Janina Ličytė jaunesnioji mokslo darbuotoja, chemikė tyrėja 9419	Dr. Viktoras Masevičius vyriausiasis mokslo darbuotojas 852234530	Milda Mickutė jaunesnioji mokslo darbuotoja 9418
Aleksandr Osipenko jaunesnysis mokslo darbuotojas 852234373	Dr. Rasa Rakauskaitė vyresnioji mokslo darbuotoja 9421	Audronė Rukšėnaitė chemikė tyrėja 852234373
Dr. Vaidotas Stankevičius mokslo darbuotojas	Zdislav Staševskij jaunesnysis mokslo darbuotojas 852234352	Dr. Miglė Tomkuvienė mokslo darbuotoja 9419
Giedrė Urbanavičiūtė jaunesnioji mokslo darbuotoja 9421	Dr. Giedrius Vilkaitis vyriausiasis mokslo darbuotojas 852234372

 

Doktorantai:

Milda Rudytė ()

Povilas Gibas ()