Balandžio 20 d. 14 val.VU Gyvybės mokslų centro R-401 auditorijoje (Saulėtekio al. 7, LT-10257 Vilnius) JANINA LIČYTĖ gins disertaciją „Oksiduotų 5-metilcitozino formų nustatymas naujais metodais, jų genominis pasiskirstymas ir funkcijos“ biochemijos mokslo krypties daktaro laipsniui gauti. Mokslinė konsultantė – dr. Edita Kriukienė.
Disertacijos anotacija:
5-metilcitozinas (5mC) yra eukariotų genų reguliacijai svarbi DNR modifikacija. Veikiant TET baltymams iš 5mC susidaro jo oksiduotos formos (oksi-mC) – 5-hidroksimetilcitozinas (5hmC), 5-formilcitozinas (5fC) ir 5-karboksilcitozinas (5caC). Siekiant geriau suprasti oksi-mC funkcijas, reikia tikslių ir ekonomiškų jų genominio profiliavimo metodų. Šiame darbe tyrėme DNR metiltransferazių vykdomą 5caC dekarboksilinimo reakciją ir remdamiesi ja bei ekonomišku nukleotido tikslumo TOP-seq metodu, sukūrėme jautrų ir specifišką 5caC profiliavimo metodą caCLEAR (angl. 5caC clearance). caCLEAR metodu pirmą kartą parodėme genominio 5caC pasiskirstymo skirtumus tarp dviejų pliuripotentiškumo būsenų pelės embrioninių kamieninių ląstelių, augintų serumo-2i ir serumo sąlygomis. Be to, nustatėme asimetrinį 5caC pasiskirstymą šių ląstelių antiprasminėje aktyvių baltymus koduojančių genų grandinėje. Taip pat tyrėme daug TET genų homologų turinčius papėdgrybius Laccaria bicolor ir Coprinopsis cinerea ir L. bicolor DNR pirmą kartą nustatėme oksi-mC. Nustatėme šių papėdgrybių genominį 5fC ir 5hmC išsidėstymą pasitelkiant 5hmC-specifinį nukleotido tikslumo hmTOP-seq metodą ir sukūrę naują jo versiją 5fC nustatymui – foTOP-seq. Išsamiai įvertinome 5hmC, 5fC bei 5mC įtaką genų raiškai, kuri šiuose organizmuose buvo skirtinga. Taip pat šių papėdgrybių RNR pirmą kartą nustatėme oksi-mC bei sukūrėme masių spektrometrija 5caC aptikimą RNR palengvinantį metodą, kuriuo ištyrėme 5caC gausumą skirtingose RNR frakcijose.
Disertacijos gynimą stebėti galite naudodamiesi šia nuoroda.