Įgyvendinant 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programos priemonės Nr. 09.3.3-LMT-K-712 „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių po doktorantūros studijų skatinimas“ VU GMC Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Alternatyvusis pre-iRNR splaisingas: hipoksijos ir neurogedeneracinių ligų ryšys “ (kodas 09.3.3-LMT-K-712-02-0095). Projektas finansuojamas Europos socialinio fondo lėšomis.
Projekto trukmė – 2017-12-04 – 2019-12-03.
Podoktorantūros stažuotės vadovas – VU GMC Biotechnologijos instituto dr. Arvydas Kanopka.
Podoktorantūros stažuotoja – dr. Eglė Jakubauskienė.
Projekto tikslas – tyrėjos kompetencijos kėlimas, tiriant hipoksijos įtaką su neurodegeneracinėmis ligomis susijusių iRNR (APP, MAPT) izoformų susidarymui ir šį procesą reguliuojančių splaisingo veiksnių - SR šeimos baltymų tyrimas hipoksinėse ląstelėse.
Santrauka: Lėtiniams neurodegeneraciniams susirgimams priklauso plačiai pasaulyje paplitusios neurologinės kilmės ligos (Alzheimerio, Parkinsono ir kt.), pažeidžiančios smegenų nervines ląsteles ir pasireiškiančios atminties, kalbos, suvokimo, elgsenos ir judėjimo sutrikimais. Literatūroje paskelbti naujausi duomenys teigia, kad deguonies trūkumas (hipoksija) ląstelės aplinkoje daro įtaką neurodegeneracinių ligų vystymuisi. Tai gali būti susiję su ląstelei būdingu atsaku į sumažėjusį deguonies kiekį, kurio metu stabilizuojami hipoksijos indukuojami veiksniai (HIF), aktyvinantys genų, reikalingų ląstelei išgyventi pakitusiomis aplinkos sąlygomis, transkripciją. Hipoksinėse ląstelėse be transkripcijos aktyvacijos vyksta alternatyviojo pre-iRNR splaisingo pokyčiai, susidarant iRNR izoformoms, nuo kurių sintetinami baltymai siejami su įvairiomis žmogaus ligomis, įskaitant ir neurodegeneracines ligas.
Projekte numatoma tirti ar / kaip kinta genų, siejamų su neurodegeneracinėmis ligomis, alternatyvusis splaisingas priklausomai nuo deguonies kiekio aplinkoje ir nustatyti splaisingo veiksnių - SR šeimos baltymų įtaką šioje reguliacijoje. Iškeltam tikslui pasiekti bus sprendžiami šie uždaviniai: i) tiriama ar / kaip sumažėjus deguonies kiekiui ląstelių aplinkoje kinta APP ir MAPT iRNR izoformų susidarymas smegenų ląstelių linijose (U-87 MG ir SK-N-Be), kultivuotose normaliomis (21% O2) ir hipoksinėmis (1% O2) sąlygomis; ii) tiriama individualių SR šeimos baltymų įtaka APP ir MAPT iRNR izoformų susidarymui smegenų ląstelėse, augintose normaliomis deguonies ir hipoksinėmis sąlygomis. Siekiant padidinti individualių SR baltymų raišką, juos koduojančios plazmidinės DNR bus transfekuojamos į ląsteles, o šių baltymų raiškos sumažinimui bus naudojama CRISP/Cas9 sistema arba atitinkamos siRNR. iRNR izoformų susidarymas bus analizuojamas PGR ir tikro laiko PGR metodais.
Gauti tyrimų rezultatai, kurie bus pristatyti dviejose mokslo straipsniuose tarptautiniuose leidiniuose ir tarptautinėje konferencijoje, papildys žinias apie hipoksijos įtaką neurodegeneracinių ligų vystymuisi, kas padės geriau suprasti šių ligų patogenezę ir leis nustatyti naujus neurodegeneracinių ligų žymenis.