Įgyvendinant 2014–2020 m. ES fondų investicijų veiksmų programos priemonės Nr. 09.3.3-LMT-K-712 „Mokslininkų, kitų tyrėjų, studentų mokslinės kompetencijos ugdymas per praktinę mokslinę veiklą“ veiklą „Stažuočių podoktorantūros studijų skatinimas“ VU Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Erdvinės pavienių ląstelių RNR sekoskaitos metodikos sukūrimas“ (kodas 09.3.3-LMT-K-712-02-0067). Projektas finansuojamas Europos socialinio fondo lėšomis.
Projekto trukmė – 2017-12-01–2019-12-03
Mokslinio tyrimo vadovas – VU GMC Biotechnologijų instituto Mikrotechnologijų skyriaus vadovas dr. Linas Mažutis.
Podoktorantūros stažuotojas – dr. Karolis Leonavičius.
Projekto tikslas - Patologinė audinių analizė, paremta specifniais antikūnais ir mikroskopija, yra plačiai naudojama biomedicinos tyrimuose, pavyzdžiui, identifikuojant vėžį, infekcijas ir kitas sudėtingas ligas. Tačiau tokie metodai vienu metu leidžia analizuoti tik ribotą kiekį molekulinių žymenų (paprastai 3–4). Dėl to tampa praktiškai neįmanoma detaliai charakterizuoti audinius ir priskirti pacientus tinkamoms gydymo grupėms. Modernūs, sekoskaita pagrįsti metodai kaip pavienių ląstelių RNR sekoskaita leidžia vienu metu nustatyti didelius žymenų kiekius, tačiau analizės metu prarandama informacija apie erdvinį ląstelių išsidėstymą, nes suardoma audinio struktūra. Sujungus fluorescensinę mikroskopiją su pavienių ląstelių RNR sekoskaita įmanoma sukurti tokį metodą, kuris leistų vienu metu tikimybiškai įvertinti ir ląstelių vietą audinyje, ir jų genų raiškos profilį.
Projekto santrauka: Pasaulyje plačiai paplitę diagnostiniai tyrimai, kurių metu derinama informacija apie baltymų ir RNR lokalizaciją audiniuose (Definiens, Inc., Mediantechnologies, Inc.). Šio tipo diagnostika plačiai naudojama charakterizuojant vėžinius darinius, klasifikuojant pacientus pagal spėjamą jų atsaką vaistams. Tačiau esamos metodikos trūkumas yra našumas. Kadangi mikroskopija vienu metu leidžia išmatuoti tik keletą genų, pacientų atsako į vaistus rūšiavimas tampa praktiškai neįmanomas. Šiai problemai spręsti prieš porą metų sukurtas didelio našumo RNR sekoskaitos metodas, paremtas mikroskysčių technologijomos (1–3). Deja, mėginio paruošimo metu audinys suskaidomas į pavienes ląsteles. Dėl to prarandama informacija apie ląstelių išsidėstymą audinyje. Todėl gautus duomenis yra itin sunku suderinti su kitokio tipo diagnostine informacija (imunohistochemija arba in situ hibridizacija). Ši problema išlieka itin aktuali šių dienų biomedicinoje ir diagnostikoje. Nors egzistuoja keletas potencialių RNR sekoskaitos ir mikroskopijos duomenų derinimo būdų (4–6), dėl kompleksiškumo ir riboto taikomumo jie nesulaukė platesnio pritaikymo (7). Šio projekto tikslas – sukurti metodą, leidžiantį įvertinti pavienių ląstelių erdvinę poziciją audinyje ir nustatyti jų tranksriptomą. Tikslui įgyvendinti bus sujungta fluorescentinė mikroskopija, mikroskysčių technologijos, pavienių ląstelių RNR sekoskaita, duomenų analizė, biocheminiai ir analitiniai metodai.