Projektas: Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro Biotechnologijos institute vykdomas projektas „Programinė REST paslaugų sistema realiu laiku tolimai giminingiems baltymams ieškoti ir modeliuoti“, projekto Nr. 01.2.2-LMT-K-718-01-0028. Projektas finansuojamas Europos Regioninės plėtros fondo lėšomis pagal Priemonės Nr. 01.2.2-LMT-K-718 veiklą „Aukšto lygio tyrėjų grupių vykdomi moksliniai tyrimai, skirti kurti ūkio sektoriams aktualias MTEP veiklų tematikas atitinkančius rezultatus, kurie vėliau galėtų būti komercinami“.
Projekto trukmė: 2018-01-08 – 2022-01-07.
Projekto vadovas: dr. Mindaugas Margelevičius.
Santrauka. Projekto tikslas: didinti baltymų evoliucinio giminingumo nustatymo jautrumą ir tikslumą, sukurti patogias ir greitai veikiančias priemones, leidžiančias tyrėjams realiu laiku atlikti baltymų homologijų paieškas, evoliucijos tyrimus ir numatyti jų erdvines struktūras.
Baltymo struktūros numatymas pagal jo seką yra vienas svarbiausių uždavinių bioinformatikoje, kurio sėkmingas sprendimas apimtų beveik visas biomedicinos sritis. Šiuo metu patikimiausias būdas numatyti struktūrą – modeliavimas pagal homologiją, išvestą remiantis sekų šeimomis. Projekto tikslas – stiprinti baltymų homologijų nustatymo jautrumą, sukurti patogias ir greitai veikiančias priemones, leidžiančias tyrėjams realiu laiku atlikti baltymų homologijų paieškas, evoliucijos tyrimus ir modeliavimą. Siekiant šio tikslo planuojama sukurti bendrą sekų šeimų sugretinimų įverčių statistinio reikšmingumo vertinimo metodologiją, leisiančią žymiai padidinti COMER metodo (Margelevičius, Bioinformatics 32, 2016) jautrumą ir sekų šeimų sugretinimų tikslumą. COMER metodo našumui didinti planuojama sukurti savarankišką COMER programinės įrangos versiją, skaičiavimus vykdančią remiantis CUDA lygiagrečių skaičiavimų architektūra. Metodo naudojimosi galimybėms plėsti planuojama sukurti interneto paslaugų sistemą, skirtą realiu laiku vykdyti COMER homologijų paieškoms, rezultatų analizei ir baltymų modeliavimams pagal gautus sekų šeimų sugretinimus.
Rezultatai: tikimasi, kad žymiai pagerinta visais atžvilgiais COMER metodo realizacija taps svarbia priemone tiek didelio masto duomenų analizei, tiek atskirų baltymų evoliucinei ir struktūrinei analizei realaus laiko aplinkoje. Tai prisidės prie gilesnio biologinių procesų supratimo.