Rapolas Jamontas apgynė disertaciją „TudS baltymai: nuo tionukleobazių iki tRNR demodifikacijos” ir jam buvo suteiktas biochemijos mokslo krypties daktaro laipsnis.
Moksliniai vadovai: prof. dr. Rolandas Meškys (Vilniaus universitetas, gamtos mokslai, biochemija). Nuo 2020-10-01 iki 2023-12-18; dr. Agota Aučynaitė (Vilniaus universitetas, gamtos mokslai, biochemija). Nuo 2023-12-19 iki 2024-09-30.
Moksliniai konsultantai:
dr. Agota Aučynaitė (Vilniaus universitetas, gamtos mokslai, biochemija). Nuo 2020-10-01 iki 2023-12-18; prof. dr. Rolandas Meškys (Vilniaus universitetas, gamtos mokslai, biochemija). Nuo 2023-12-19 iki 2024-09-30.
Disertacijos gynimo tarybos sudėtis: Tarybos pirmininkė - prof. dr. Eglė Lastauskienė (Vilniaus universitetas, gamtos mokslai, biologija); dr. Dukas Jurėnas (Prancūzijos nacionalinis mokslinių tyrimų centras, Prancūzija, gamtos mokslai, biochemija), dr. Patrick Pausch (Vilniaus universitetas, gamtos mokslai, biochemija), dr. Jūratė Skerniškytė (Vilniaus universitetas, gamtos mokslai, biochemija), dr. Miglė Tomkuvienė (Vilniaus universitetas, gamtos mokslai, biochemija).
Vienas iš dažniausiai prokariotuose aptinkamų siera modifikuotų nukleozidų yra 4-tiouridinas (s4U) randamas 8-oje tRNR pozicijoje. Ši modifikacija prokariotinei tRNR padeda išlaikyti termodinaminį stabilumą. Taip pat, dėl savo foto reaktyvumo, s4U nukleozidas gali veikti kaip ultravioleto (UV) jutiklis. Ankstesni tyrimai parodė, kad prokariotuose paplitusi TudS baltymų šeima veikia kaip tiouracilo desulfidazės, tačiau nei jų specifiškumas, nei paplitusio TudS-DUF1722 (RudS) sulieto baltymo aktyvumas nebuvo išaiškintas. Šioje disertacijoje aprašytų tyrimų metu TudS ir RudS baltymai buvo charakterizuoti biochemiškai ir pasiūlyta jų galima fiziologinė funkcija tiomodifikuotų nukleozidų perdirbime ir bakteriniame UV streso atsake. Taip pat, RudS baltymuose randamam ir iki šiol necharakterizuotam nežinomos funkcijos domenui 1722 (DUF1722) buvo pasiūlyta sąveikos su tRNR funkcija. Pavienį TudS domeną turintys baltymai darbo metu buvo charakterizuoti kaip 4-tio-UMP desulfidazės, potencialiai dalyvaujančios tRNR katabolizme, taip pat, tyrimo metu pademonstruota, kad TudS baltymai padeda bakterijoms panaudoti egzogeninius 4-tiouracilo darinius kaip uracilo šaltinį ir taip detoksikuoti augimo aplinką. RudS baltymai, sudaryti iš sulietų TudS ir DUF1722 domenų, buvo biochemiškai ir bioinformatiškai identifikuoti kaip su tRNR sąveikaujantys ir 4-tiouridiną demodifikuojantys fermentai. Tyrimo metu pademonstruota, kad šis demodifikacijos procesas leidžia bakterijoms greičiau adaptuotis prie UV streso ir gali būti susijęs su streso atsako mechanizmais.
 |