Prokariotų molekulinė taksonomija

Dalyko pavadinimas

Mokslo kryptis kodas

Kamieninis padalinys

Šakinis padalinys (-iai)

Prokariotų molekulinė taksonomija

Biologija N 010

Gyvybės mokslų centras

Biomokslų institutas

Dalyko apimtis kreditais

8

Studijų būdas

Kreditų skaičius

Studijų būdas

Kreditų skaičius

paskaitos

0

konsultacijos

3

individualus

5

seminarai

0

Kurso tikslai

Supažindinti doktorantus su molekulinės prokariotų taksonomijos principais bei išmokyti kūrybiškai juos taikyti mokslo tiriamajame darbe.

Pagrindinės temos

Tarptautinis Prokariotų Nomenklatūros Kodas. Mikroorganizmų kultūrų kolekcijos ir jų vaidmuo prokariotų taksonomijoje. Rūšis – pagrindinis prokariotų taksonomijos vienetas. Šiuolaikinės prokariotų rūšies koncepcijos. Naujų prokariotų rūšių aprašymo taisyklės ir standartizuoti formatai. Prokariotų nomenklatūros principai, taisyklės ir iššūkiai. Genominės rūšies bei „Candidatus“ statuso sąvokos taksonomijoje. Kultivuojamų prokariotų taksonomijos principai, taisyklės ir pagrindiniai metodai. Tipiniai prokariotų rūšių kamienai – šiuolaikinės taksonominės sistemos pagrindas. Klasikinė DNR-DNR hibridizacija. Šiuolaikinės DNR-DNR hibridizacijos alternatyvos: AAI, ANI, skaitmeninė DDH. 16S rRNR geno analizės ir DNR-DNR hibridizacijos ryšys. MLSA. Genominė taksonomija. Genomo analizės specifiškumas įvairių taksonų lygmenyje. Rūšies genomas. Genomo analizės svarba šiuolaikinėje prokariotų taksonomijoje. Nekultivuojamų prokariotų taksonomija. Gyvybės medis. Unifikuota kultivuojamų ir nekultivuojamų prokariotų taksonomijos sistema. Naujos kartos sekoskaita prokariotų taksonomijoje. Ribosominių operonų skaičiaus ir skirtingų operonų sekų variabilumo problema naudojant naujos kartos sekoskaitą. Pasikartojančių elementų analizė prokariotų taksonomijoje. Taksonomijos metodai epidemiologijoje ir medicininėje mikrobiologijoje: ribotipavimas, MLST, VNTR. Skirtingų genotipavimo ir identifikavimo metodų skaitinės ribos taksonomijoje. Detali nurodytos konkrečios prokariotų grupės taksonomijos apžvalga: metodai, problemos, sprendimo būdai.

Pagrindinė literatūra

• International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology | Microbiology Society (microbiologyresearch.org)
• Systematic and Applied Microbiology Systematic and Applied Microbiology | Journal | ScienceDirect.com by Elsevier
• List of prokaryotic names with standing in nomenclature (LPSN) LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (bacterio.net)

Vertinimo strategija

Vertinimo kriterijai

Seminaras

Seminaro trukmė – 30-40 min. Seminaro metu turi būti aptariama ne mažiau kaip 10 mokslinių straipsnių, paskelbtų per pastaruosius 5 metus.

Vertinimo kriterijai:

• Nesilaikoma LPSN taksonomijos – seminaras neužskaitytas.
• Problema atskleista nepilnai, neaptarti patys naujausi metodai, vengiama aptarti ir diskutuoti probleminius aspektus – 5-7 balai;
• Problema atskleista, aptarti naujausi metodai, detaliai aptarti probleminiai aspektai – 8-10 balų. 

Nomeda Kuisienė

prof.

Patvirtinta Gyvybės mokslų centro Doktorantūros mokyklos Tarybos posėdyje 2021-10-14, protokolo Nr. (4.10)600000-KT-...

Tarybos pirmininkė dr. Daiva Baltriukienė